关于SSR引物多态性的求助
我是做小麦抗病基因定位的，做的是SSR引物，目前筛选出四条引物，但其中三条并不是共显性的引物，更奇怪的的是，我定位的是显性基因，其中两条引物的带型很奇怪，纯和抗是一个带型，杂合和纯和感是相同一个带型，而我平时从文献里看到的一般都是共显性表现的是纯和抗一个带型，纯合感一个带型，杂合是组合带。要不就是显性标记，纯合抗和杂合抗是一个带型，纯和感无带啊。我表示很疑惑啊，并且我看别人筛选的共显性的都比较多，显性的SSR都很少，可是目前我只有一个是共显性的，会不会最后算下来都不连锁哦？！那不是很悲惨。。。。哎，，，，求大侠救我！
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京公网安备 11010802022153号
这种奇怪的现象是不同基因型pcr扩增效率差异大造成的。就是抗性基因型扩增效率较低，在纯和状态，无效率更高的感病基因型模板竞争，能正常扩增。在杂合状态，竞争造成抗性基因型基本无扩增，表现出感病纯和带型。这种标记只能当成感病显性标记。扩增效率差异大，有可能是ssr重复次数差异太大造成，也可能是引物序列部分不保守造成的，前者基本无望改进，后者可通过测序后重设计引物解决。至于标记显性还是共显性，这与连锁与否关系不大，只是显性标记在基因定位时，缺少三分之二的信息量，造成遗传距离计算分辨率降低
谢谢了，那我想问一下，这种引物能够用于遗传距离的计算吗？因为我总共才筛选出4对引物，其中两对是这种类型的。
可以计算的。只是准确性没共显性的高。只能根据隐性纯合基因型单株计算了，因为你无法计算显性纯合和显性杂合之间的重组事件，所以得出的重组率肯定是偏低的。现在这些定位软件采用的算法我不太清楚，但估计对于这种情况，会有一个估计值去补偿这种偏低的重组率
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