条带数目少的，可以试试降低电压和增加电泳时间。或者做一下该功能基因的绝对定量realtime-pcr，看会不会在环境中本来就少，如果本来就少的，可以增加模板浓度。

可能是你选的功能基因比较保守，序列多样性较低，建议楼主参考下别人的工作，看是否也是多样性不高。做realtime-PCR只是检测该基因的数量，不能检测它的序列多样性，而DGGE是检测序列多样性的，这两个实验技术不是一回事。