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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 土壤DNA功能基因的遗传多样性研究
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lhf903

金虫 (正式写手)

[求助] 土壤DNA功能基因的遗传多样性研究

我最近在做土壤总DNA的功能基因，做了DGGE，但图谱上的条带数较少，达不到分析要求，想问一下各位，有没有什么方法可以提高条带数目；亦或是有什么其他方法分析遗传多样性，T-RFLP可以吗
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1楼2013-03-06 10:27:51
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scnu2008

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 金币+3, 新虫加油 2013-03-07 08:58:27
lhf903: 金币+4 2013-03-09 17:43:09
条带数目少的，可以试试降低电压和增加电泳时间。或者做一下该功能基因的绝对定量realtime-pcr，看会不会在环境中本来就少，如果本来就少的，可以增加模板浓度。
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2楼2013-03-06 22:43:17
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leichenliu

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可能是你选的功能基因比较保守，序列多样性较低，建议楼主参考下别人的工作，看是否也是多样性不高。做realtime-PCR只是检测该基因的数量，不能检测它的序列多样性，而DGGE是检测序列多样性的，这两个实验技术不是一回事。
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3楼2013-03-07 13:08:54
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lhf903

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by scnu2008 at 2013-03-06 22:43:17
条带数目少的，可以试试降低电压和增加电泳时间。或者做一下该功能基因的绝对定量realtime-pcr，看会不会在环境中本来就少，如果本来就少的，可以增加模板浓度。

谢谢
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4楼2013-03-07 14:10:30
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lhf903

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by leichenliu at 2013-03-07 13:08:54
可能是你选的功能基因比较保守，序列多样性较低，建议楼主参考下别人的工作，看是否也是多样性不高。做realtime-PCR只是检测该基因的数量，不能检测它的序列多样性，而DGGE是检测序列多样性的，这两个实验技术不是一 ...

谢谢
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5楼2013-03-07 14:10:41
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lhf903

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by leichenliu at 2013-03-07 13:08:54
可能是你选的功能基因比较保守，序列多样性较低，建议楼主参考下别人的工作，看是否也是多样性不高。做realtime-PCR只是检测该基因的数量，不能检测它的序列多样性，而DGGE是检测序列多样性的，这两个实验技术不是一 ...

可不可以用二次pcr的方法，以pcr产物为模版~
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6楼2013-03-08 13:08:07
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leichenliu

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
lhf903: 金币+6 2013-03-09 09:20:28
引用回帖:
6楼: Originally posted by lhf903 at 2013-03-08 13:08:07
可不可以用二次pcr的方法，以pcr产物为模版~...

条带多寡不是PCR方法的问题，可能是你的引物不好，不是通用性较差，所以PCR产物序列多样性不高，导致DGGE条带少。
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7楼2013-03-08 16:54:51
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lhf903

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by leichenliu at 2013-03-08 16:54:51
条带多寡不是PCR方法的问题，可能是你的引物不好，不是通用性较差，所以PCR产物序列多样性不高，导致DGGE条带少。...

换过几种常用引物，条带都很很少，怀疑是目的基因在样品中较少，达不到DGGE的检测限~
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8楼2013-03-08 17:44:11
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leichenliu

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by lhf903 at 2013-03-08 17:44:11
换过几种常用引物，条带都很很少，怀疑是目的基因在样品中较少，达不到DGGE的检测限~...

这种情况也有可能
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9楼2013-03-08 17:50:19
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快乐酒僧

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by scnu2008 at 2013-03-06 22:43:17
条带数目少的，可以试试降低电压和增加电泳时间。或者做一下该功能基因的绝对定量realtime-pcr，看会不会在环境中本来就少，如果本来就少的，可以增加模板浓度。

那请问做纯菌DGGE条带有五六条之多又该咋办呢？考虑可能有多拷贝、异源双链等问题。但也不会那么多啊  我做的是细菌 用的338f 518r 做的V3区 扩增。求解答！
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10楼2013-05-14 17:58:26
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