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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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lhf903

金虫 (正式写手)

[求助] 土壤DNA功能基因的遗传多样性研究

我最近在做土壤总DNA的功能基因,做了DGGE,但图谱上的条带数较少,达不到分析要求,想问一下各位,有没有什么方法可以提高条带数目;亦或是有什么其他方法分析遗传多样性,T-RFLP可以吗
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scnu2008

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhang8826857: 金币+3, 新虫加油 2013-03-07 08:58:27
lhf903: 金币+4 2013-03-09 17:43:09
条带数目少的,可以试试降低电压和增加电泳时间。或者做一下该功能基因的绝对定量realtime-pcr,看会不会在环境中本来就少,如果本来就少的,可以增加模板浓度。
2楼2013-03-06 22:43:17
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leichenliu

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可能是你选的功能基因比较保守,序列多样性较低,建议楼主参考下别人的工作,看是否也是多样性不高。做realtime-PCR只是检测该基因的数量,不能检测它的序列多样性,而DGGE是检测序列多样性的,这两个实验技术不是一回事。
3楼2013-03-07 13:08:54
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lhf903

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by scnu2008 at 2013-03-06 22:43:17
条带数目少的,可以试试降低电压和增加电泳时间。或者做一下该功能基因的绝对定量realtime-pcr,看会不会在环境中本来就少,如果本来就少的,可以增加模板浓度。

谢谢
4楼2013-03-07 14:10:30
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lhf903

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by leichenliu at 2013-03-07 13:08:54
可能是你选的功能基因比较保守,序列多样性较低,建议楼主参考下别人的工作,看是否也是多样性不高。做realtime-PCR只是检测该基因的数量,不能检测它的序列多样性,而DGGE是检测序列多样性的,这两个实验技术不是一 ...

谢谢
5楼2013-03-07 14:10:41
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lhf903

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by leichenliu at 2013-03-07 13:08:54
可能是你选的功能基因比较保守,序列多样性较低,建议楼主参考下别人的工作,看是否也是多样性不高。做realtime-PCR只是检测该基因的数量,不能检测它的序列多样性,而DGGE是检测序列多样性的,这两个实验技术不是一 ...

可不可以用二次pcr的方法,以pcr产物为模版~
6楼2013-03-08 13:08:07
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leichenliu

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
lhf903: 金币+6 2013-03-09 09:20:28
引用回帖:
6楼: Originally posted by lhf903 at 2013-03-08 13:08:07
可不可以用二次pcr的方法,以pcr产物为模版~...

条带多寡不是PCR方法的问题,可能是你的引物不好,不是通用性较差,所以PCR产物序列多样性不高,导致DGGE条带少。
7楼2013-03-08 16:54:51
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lhf903

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by leichenliu at 2013-03-08 16:54:51
条带多寡不是PCR方法的问题,可能是你的引物不好,不是通用性较差,所以PCR产物序列多样性不高,导致DGGE条带少。...

换过几种常用引物,条带都很很少,怀疑是目的基因在样品中较少,达不到DGGE的检测限~
8楼2013-03-08 17:44:11
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leichenliu

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by lhf903 at 2013-03-08 17:44:11
换过几种常用引物,条带都很很少,怀疑是目的基因在样品中较少,达不到DGGE的检测限~...

这种情况也有可能
9楼2013-03-08 17:50:19
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快乐酒僧

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by scnu2008 at 2013-03-06 22:43:17
条带数目少的,可以试试降低电压和增加电泳时间。或者做一下该功能基因的绝对定量realtime-pcr,看会不会在环境中本来就少,如果本来就少的,可以增加模板浓度。

那请问做纯菌DGGE条带有五六条之多又该咋办呢?考虑可能有多拷贝、异源双链等问题。但也不会那么多啊  我做的是细菌 用的338f 518r 做的V3区 扩增。求解答!
10楼2013-05-14 17:58:26
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