AMBER MMPBSA 计算时建立prmtop文件问题
急求帮忙
问题一：
我用tleap建立prmtop文件时，检查电荷如下：
ligand：
Total unperturbed charge: 0.002000
Total perturbed charge: 0.002000
protein：
Total unperturbed charge: -20.000000
Total perturbed charge: -20.000000
因此，将ligand和protein combine之后的complex电荷为：
Total unperturbed charge: -19.998000
Total perturbed charge: -19.998000
这样，我用addions给complex加Na+中和，tleap只加19个Na+，为什么？
问题二：
其他体系觉得prmtop文件建立没有问题，但是MMPBSA计算还是出错，过程如下：
Reading command-line arguments and input files...
Loading and checking parameter files for compatibility...
mmpbsa_py_energy found! Using /home/user/amber12/bin/mmpbsa_py_energy
cpptraj found! Using /home/user/amber12/bin/cpptraj
Preparing trajectories for simulation...
51 frames were processed by cpptraj for use in calculation.
Beginning PB calculations with /home/user/amber12/bin/mmpbsa_py_energy
calculating complex contribution...
CalcError: /home/user/amber12/bin/mmpbsa_py_energy failed with prmtop complex.prmtop!
Exiting. All files have been retained.
这是什么原因呢？还是prmtop文件建立的不对？
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为什么没有人理我呢。。金币太少了么？我可以加送金币的哦。。
可能大家没有amber12，所以没法帮助你。
第一个问题：
tleap就是这样，只舍不入。 你在家一个 addions Na+ 1 就好了
第二个问题：
我觉得是你的prmtop文件建立的有问题
你用complex的prmtop（没有水的），用ptraj处理一段去掉水的轨迹，比如算个rmsd什么的，看看你这个prmtop是不是好的，或者用vmd载入这个拓扑，打开一段去掉水的轨迹�
你好！你的问题最后怎么解决的？我也遇到类似的问题，求赐教！！！谢谢！
老师你好！我现在也在跑Amber分子动力学，在计算MMPBSA的时候出现了跟你说的一样的错误，请教你时怎么解决的呢？