1编译fftw单双精度版(fftw的精度版本要与Gromacs保持一致)(http://www.fftw.org/download.html)
     tar  zxvf  fftw-3.3.2.tar.gz
     cd fftw-3.3.2.tar.gz
单精度版本
   ./configure --enable-float --enable-mpi --enable-sse --enable-shared --prefix=/usr/local/software/fftw-3.3.2
     make
     make install
    双精度版本
    ./configure --enable-sse --enable-mpi --enable-shared
        --prefix=/usr/local/software/fftw-3.3.2
       make
       make install

设置fftw环境变量
     export CPPFLAGS=”-I/home/fftw-3.1.2/include”
     export LDFLAGS=”-L/home/fftw-3.1.2/lib”


2.编译Gromacs

利用fftw编译
./configure --prefix=/usr/local/software/gromacs-4.5.5 --enable-shared --with-fft=fftw3 --enable-mpi --disable-gcc41-check

利用mkl编译，速度稍快
./configure --prefix=/usr/local/software/gromacs-4.5.5 CC=mpicc F77=mpif90 --enable-shared --with-fft=mkl LIBS="-L/opt/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_lapack -lmkl_core -lmkl_em64t -lguide –lpthread" --enable-mpi --disable-gcc41-check

注：--disable-gcc41-check是因为C语言编译采用了gcc并且是4.1.2版本，gromacs提示该版本对于高级优化可能会有bug,所以可以用这个选项，继续使用4.1.2版本，或者选择别的C编译器
make
make mdrun
make install
make install-mdrun

环境设置：
写入用户bash
source /usr/local/software/gromacs-4.5.5/bin/GMXRC

注意：修改

     export CPPFLAGS=”-I/usr/local/software/fftw-3.3.2/include”
     export LDFLAGS=”-L/usr/local/software/fftw-3.3.2/lib”

[ Last edited by zhangguangping on 2014-3-15 at 00:53 ] 返回小木虫查看更多