| 查看: 2872 | 回复: 5 | |||||||||
| 【奖励】 本帖被评价4次，作者zhangguangping增加金币 2.6 个 | |||||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||||||
[资源]
Gromacs 4.5.5安装记录
|
|||||||||
|
1编译fftw单双精度版(fftw的精度版本要与Gromacs保持一致)(http://www.fftw.org/download.html) tar zxvf fftw-3.3.2.tar.gz cd fftw-3.3.2.tar.gz 单精度版本 ./configure --enable-float --enable-mpi --enable-sse --enable-shared --prefix=/usr/local/software/fftw-3.3.2 make make install 双精度版本 ./configure --enable-sse --enable-mpi --enable-shared --prefix=/usr/local/software/fftw-3.3.2 make make install 设置fftw环境变量 export CPPFLAGS=”-I/home/fftw-3.1.2/include” export LDFLAGS=”-L/home/fftw-3.1.2/lib” 2.编译Gromacs 利用fftw编译 ./configure --prefix=/usr/local/software/gromacs-4.5.5 --enable-shared --with-fft=fftw3 --enable-mpi --disable-gcc41-check 利用mkl编译，速度稍快 ./configure --prefix=/usr/local/software/gromacs-4.5.5 CC=mpicc F77=mpif90 --enable-shared --with-fft=mkl LIBS="-L/opt/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_lapack -lmkl_core -lmkl_em64t -lguide –lpthread" --enable-mpi --disable-gcc41-check 注：--disable-gcc41-check是因为C语言编译采用了gcc并且是4.1.2版本，gromacs提示该版本对于高级优化可能会有bug,所以可以用这个选项，继续使用4.1.2版本，或者选择别的C编译器 make make mdrun make install make install-mdrun 环境设置： 写入用户bash source /usr/local/software/gromacs-4.5.5/bin/GMXRC 注意：修改 export CPPFLAGS=”-I/usr/local/software/fftw-3.3.2/include” export LDFLAGS=”-L/usr/local/software/fftw-3.3.2/lib” [ Last edited by zhangguangping on 2014-3-15 at 00:53 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子动力学 | 高分子学习--qlh | 我的宝贝帖子 | 分子模拟学习 |
| 收藏贴 | gromacs | GROMACS |
» 猜你喜欢
广西大学-广州大学招聘博士后 欢迎广大优秀人才！！！
已经有8人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有7人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有7人回复
-
科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题
已经有19人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- abinit软件安装步骤（亲测）
已经有16人回复
- GROMACS运行出错了，求助中
已经有15人回复
- autodock与gromacs在Windows下的安装
已经有10人回复
- GROMACS运行完后的结果分析
已经有4人回复
- gromacs4.6.5安装问题
已经有4人回复
- 安装arcgis10.1出错 error 1335
已经有5人回复
- gromacs安装好后运行pdb2gmx显示还未安装pdb2gmx呢？
已经有4人回复
- gromacs4.5.5安装问题
已经有5人回复
- 安装gromacs中碰到的问题，请高手帮忙解答，非常感谢！
已经有5人回复
- gromacs编译安装
已经有11人回复
- gromacs4.5.5安装出错 configure: error: cannot compute sizeof (off_t)
已经有3人回复
- gromacs安装出错求助
已经有4人回复
- gmx安装fftw时出现could not find mpi library for --enable-mpi
已经有5人回复
- Gromacs4.5.5版本中安装GLYCAM糖链模拟力场问题请教？？
已经有4人回复
- GROMACS安装时总是出现configure: error: Unknown FFT library，请问是什么原因
已经有9人回复
- 请教GROMACS安装
已经有8人回复
- gromacs 中mdrun命令
已经有3人回复
- Geant4安装说明
已经有84人回复
- gromacs 4.5.4并行安装
已经有8人回复
- Ubuntu 下自动安装gromacs
已经有11人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
- 【分享】PALISADE.DECISION.TOOLS SUITE 5.5
已经有4人回复
5楼2014-01-05 14:14:41
6楼2014-05-30 00:36:17
