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Gromacs 4.5.5安装记录
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1编译fftw单双精度版(fftw的精度版本要与Gromacs保持一致)(http://www.fftw.org/download.html) tar zxvf fftw-3.3.2.tar.gz cd fftw-3.3.2.tar.gz 单精度版本 ./configure --enable-float --enable-mpi --enable-sse --enable-shared --prefix=/usr/local/software/fftw-3.3.2 make make install 双精度版本 ./configure --enable-sse --enable-mpi --enable-shared --prefix=/usr/local/software/fftw-3.3.2 make make install 设置fftw环境变量 export CPPFLAGS=”-I/home/fftw-3.1.2/include” export LDFLAGS=”-L/home/fftw-3.1.2/lib” 2.编译Gromacs 利用fftw编译 ./configure --prefix=/usr/local/software/gromacs-4.5.5 --enable-shared --with-fft=fftw3 --enable-mpi --disable-gcc41-check 利用mkl编译，速度稍快 ./configure --prefix=/usr/local/software/gromacs-4.5.5 CC=mpicc F77=mpif90 --enable-shared --with-fft=mkl LIBS="-L/opt/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_lapack -lmkl_core -lmkl_em64t -lguide –lpthread" --enable-mpi --disable-gcc41-check 注：--disable-gcc41-check是因为C语言编译采用了gcc并且是4.1.2版本，gromacs提示该版本对于高级优化可能会有bug,所以可以用这个选项，继续使用4.1.2版本，或者选择别的C编译器 make make mdrun make install make install-mdrun 环境设置： 写入用户bash source /usr/local/software/gromacs-4.5.5/bin/GMXRC 注意：修改 export CPPFLAGS=”-I/usr/local/software/fftw-3.3.2/include” export LDFLAGS=”-L/usr/local/software/fftw-3.3.2/lib” [ Last edited by zhangguangping on 2014-3-15 at 00:53 ] |
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