建立纳米球模型，我一般采用如下方法，以Cu纳米球为例：
1. MS中导入Cu晶体结构（import-->structures-->metal-->pure metal-->Cu.msi ）。
2. 根据自己需要的尺寸大小，建立超晶胞。（build-->symmetry-->supercell-->设置ABC三个方向的超晶胞数目）
3. 将建好的超晶胞导出成*.PDB格式，然后用程序处理（在linux环境下测试可用），可得到需要的Cu纳米球结构。（*.xyz格式，MS可识别）

附：处理程序（使用前先修改程序的第10-15行，指定球的球心坐标和R半径范围，Rmin=最小半径，Rmax=最大半径。实心球则指定Rmin=0。）

#!/bin/bash
#
#  Script to generate ball like structre
#  Coded by Han Bo: hanbo39200900@gmail.com
#  Usage: ballgen.sh inputfile.pdb output.xyz


# initial parameters
# define the center of the ball
center_X=20.2475
center_Y=20.2475
center_Z=20.2475
# define the R range
Rmin=16
Rmax=20

###########################################################
echo ""
echo '############################################################'
echo '##          Script to generate ball like structre         ##'
echo '##         Coded by Han Bo: hanbo39200900@gmail.com       ##'
echo '############################################################'
echo "#"
echo '#Usage: ballgen.sh inputfile.pdb output.xyz'
echo "#"
echo "#  * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *"
echo "# * please edit the line 10-15 of the code before using *"
echo "#  * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *"
echo "#"
############################################################

# pretreatment
echo '# + Formating the input file'
grep ATOM $1 | awk '{print $11, $6, $7, $8}' > coor.tmp

# calculate the number of atoms in the input file
natom=`grep ATOM $1 | wc -l`
echo '# + I found '$natom' atoms in the input file'

# c code for distance calculation.
echo '# + Preparing C code for distance calculation'
echo '
#include <stdio.h>
#include <errno.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>
#include <math.h>

int main(int argc, char **argv)
{
   FILE *infile, *outfile;
   infile=fopen(argv[1],"r");
   outfile=fopen(argv[2],"w+");

        float x0, y0, z0, x, y, z;
        float min, max, dd, dis;
        int i, nat;

        x0=atof(argv[3]);
        y0=atof(argv[4]);
        z0=atof(argv[5]);
        min=atof(argv[6]);
        max=atof(argv[7]);
        nat=(int)(atof(argv[8]));

        char elem[3];
        for (i=0; i<nat; i++)
        {
           fscanf(infile,"%s%f%f%f",&elem,&x,&y,&z);
           dd=(x-x0)*(x-x0)+(y-y0)*(y-y0)+(z-z0)*(z-z0);
           dis=sqrt(dd);
           if ((dis < max)&&(dis > min))
           {
                fprintf(outfile,"%s%12.6f%12.6f%12.6f\n",elem,x,y,z);
           }
        }

   fclose(infile);
   fclose(outfile);

}

' > cal.c
gcc cal.c -o getAtom -lm

# select the atoms in the given range
echo '# + Collecting the atoms in the ball range, please wait'
echo '#   - The center of sphere : ('$center_X', '$center_Y', '$center_Z') '
echo '#   - The R ranging from '$Rmin' to '$Rmax', in Angstrom '
./getAtom coor.tmp ball.tmp $center_X $center_Y $center_Z $Rmin $Rmax $natom

nball=`cat ball.tmp | wc -l`
echo '#   - '$nball' atoms collected'

# combine the files to *.xyz format
echo "  $nball" > ball2.tmp
echo "" >> ball2.tmp
cat ball2.tmp ball.tmp > $2

# clean
rm ball.tmp ball2.tmp coor.tmp cal.c getdis

# Job done
echo '# + Please find your result : '$2''
echo "#*************************************"
echo '#'
echo '#   !!  Job done  !!  '
echo '#'
echo "######################################"，

貌似有些字符变成了表情。。。那两个笑脸是两个英文（半角）的反括号。

谢谢高手指导，请问一下，怎么在MS中模拟得到，此纳米球高温下（1873K）的的热力学性质啊？或者用哪个模块去做呢？

这程序不能用啊
############################################################
##          Script to generate ball like structre         ##
##         Coded by Han Bo: hanbo39200900@gmail.com       ##
############################################################
#
#Usage: ballgen.sh inputfile.pdb output.xyz
#
#  * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *
# * please edit the line 10-15 of the code before using *
#  * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *
#
# + Formating the input file


然后就执行不下去了，只能强行 ctrl+D 了