没有看懂你想干什么
似乎你已经知道了最低能构象，当然也就能计算出它的势能了；
然后你也知道了另外一种构象，想模拟出它的势能；
然后你说人为修改原子坐标，从最低能构象切换到另外一种，这里不知道你要干什么，或者你有什么问题

难道想做传说中的蛋白质的全局最优构象的从头预测？
这得看有多少残基了，话说十来个还行，
对于上百残基的蛋白来说基本是不可能的，
不是有人动用全世界空闲电脑做所谓格点计算，算了半年才找出来一个，有什么意义吗？——做实验的话，PCR合成一下，做个表面涂抹干燥结晶，X光一照，蛋白结构就出来了，比神马从头预测快多了。