转变到异构体是有中间环节的，一般中间环节能势要高开两端，你所说的感受应该就是某原子在空间变形过程中受到的周围环境可变势场的作用吧？如果是这样，可以拟几个中间过渡态，然后把它们的势场算一下，再针对目标原子做个曲线就好了。

不是专业做这个的，再说下去就不靠谱了。不过对势场来说，关键在于你所拟的几个中间过渡态是不是合理，在合理的基础上算出目标原子的势场强度，再以时间或距离对强度做图，相信就可以完成目的了吧？