BamHI和另一种酶之间差几个碱基，还是之间有基因，我想知道你能判断出来这两种酶都能将载体切割开了吗。
    如果之间仅是几个碱基，酶切后还是一条带，你无法确定是不是都切割开了，还是仅仅其中的一个位点切开了；因此你应该确定一下两个酶切位点都能被切开：这个很简单你可以分别用你的酶跟载体上的另外一个酶切割载体先验证一下酶切位点是能够被切开得。
    如果要是BamHI和另一种酶之间的序列很长，酶切后你能看出来，有切割下来的序列，证明你是切开了；那你连进的片段是从另外一个载体上切割下来的还是pcr产物酶切的，如果是后者的话你pcr引物的保护碱基是不是设少了，酶切没有切开，那就增加保护碱基数目。
    酶切载体时，载体尽量少保证酶切完全，对于后续验证减少不少麻烦。连接时；至少要保证目的片段跟载体片段的比例大于3.
      星活性就是酶切条件不合适导致酶的错误切割；甘油浓度，缓冲液，酶量等等都会导致。如果载体切出来的带大小正好是的话应该不会有问题的，

你只要是酶的总量不超过反应体系的10%，就不用考虑星星活性。
连接不上的问题很多 酶切只是一个方面 建议分步酶切 过夜连接
另外takara的bamhi是30度 neb的是37度 看看温度对不对

哎，咋看不懂呢~~~~