两种大肠杆菌菌株，一种做克隆，另一种做原核表达

大肠杆菌DH5α做克隆或保存质粒用，BL21用来做原核表达用。
当然也有人用DH5α做表达也能表达出来。也有人用BL21保存质粒的，但时间久了，质粒容易丢失。

DH5a是一种常用于质粒克隆的菌株。E.coli DH5a在使用pUC系列质粒载体转化时，可与载体编码的β－半乳糖苷酶氨基端实现α－互补。可用于蓝白斑筛选鉴别重组菌株。

基因型：F-，φ80dlacZΔM15，Δ(lacZYA-argF)U169，deoR，recA1，endA1，hsdR17(rk-，mk+)，phoA，supE44，λ-，thi-1，gyrA96，relA1


BL21(DE3) 菌株
该菌株用于高效表达克隆于含有噬菌体T7启动子的表达载体（如pET系列）的基因。T7噬菌体RNA聚合酶位于λ 噬菌体DE3区，该区整合于BL21的染色体上。该菌适合表达非毒性蛋白。
基因型：F-，ompT， hsdS（rBB-mB－），gal， dcm（DE3）

BL21(DE3) pLysS菌株
该菌株含有质粒pLysS，因此具有氯霉素抗性。PLysS含有表达T7溶菌酶的基因，能够降低目的基因的背景表达水平，但不干扰目的蛋白的表达。该菌适合表达毒性蛋白和非毒性蛋白。
基因型：F-，ompT hsdS（rBB-mB－），gal， dcm（DE3，pLysS ，Camr，

最直接的区分就是克隆菌株和表达菌株的区别了
你要是做原核表达的话，应该会现用前者克隆得到重组质粒，转化入后者进行表达。。。