如果你的晶胞是立方体的
在tkconsole中输入
moinfo top set a x
moinfo top set b y
moinfo top set c z
x , y, z 为你晶胞矢量的数值 单位为埃
vmd mian->Graphical Represention->periodic
想重复几个自己选

引用回帖:

Originally posted by childsliu at 2009-10-16 18:33:
如果你的晶胞是立方体的
在tkconsole中输入
moinfo top set a x
moinfo top set b y
moinfo top set c z
x , y, z 为你晶胞矢量的数值 单位为埃
vmd mian->Graphical Represention->periodic
想重复 ...

谢谢啊！很不巧，我的是六方啊！怎么办啊？
ps：你写的命令中少了一个l，应该是molinfo。我先敲了一行，发现错了，然后根据你的命令在说明书中找到了类似的命令，试了一下，OK了！！

[ Last edited by wangyujia on 2009-10-16 at 19:45 ]

加上
molinfo top set alpha a
molinfo top set beta  b
molinfo top set gamma c
a b c 为三个角 单位为度

如果嫌麻烦
直接用pbc set {x y z a b c} 就行了
我用的是VMD1.8.7

引用回帖:

Originally posted by childsliu at 2009-10-16 19:56:
加上
molinfo top set alpha a
molinfo top set beta  b
molinfo top set gamma c
a b c 为三个角 单位为度

如果嫌麻烦
直接用pbc set {x y z a b c} 就行了
我用的是VMD1.8.7

摸了一段时间，我算是弄明白了。a轴一定得平行于VMD中的x轴，其它的就随便了。但是我以往建的晶胞都设置的是b轴平行于y轴啊！结果a轴和x轴差了30度，请问我这种情况能在VMD中画出合理的晶胞吗？
pbc那个命令我用不了，估计是版本的问题，我以后下一个1.8.7看看。
还有一个问题，这种设置只是对VMD中的一个frame有用，我想看晶胞的movie，能否把所有的frame都设置成这种晶胞
，

利用transvecinv和move命令 把a轴移动到平行x轴
如果所有的frame都在一个molid里
这种设置当然对所有frame有用

引用回帖:

Originally posted by childsliu at 2009-10-16 21:14:
利用transvecinv和move命令 把a轴移动到平行x轴
如果所有的frame都在一个molid里
这种设置当然对所有frame有用

谢谢啊！可是我的问题还是没有完全解决。
1、move的语法是什么啊？我看到说明书中说是move 4*4 matrix，可是把move和相应的matrix敲进去之后它却说invalid command name "move"，对于1.8.7也是这样。
2、VMD中的坐标转换矩阵怎么是四维的啊？第四维是什么？
3、对于加晶胞的操作真的只能对一个frame有用，要不你试试我的movie？MnS的初基单胞，a=b=c=3.738，alpha=beta=gamma=60度。有劳了，谢谢！

[ Last edited by wangyujia on 2009-11-3 at 16:06 ]

对于晶胞我不太熟悉 就先假定a轴矢量为{0 0.5 1.0}为例
tkconsole:

CODE:

set all [atomselect top all]
set nf [molinfo top get numframes]
for {set i 0} {$i < $nf} {incr i} {
     $all move [transvecinv {0 0.5 1}]
}

以上将a轴平行于x轴
如果情况不对 可以继续讨论

对所有frames可以周期性显示的问题
建议安装vmd1.8.7
tkconsole：
pbc set {a b c alpha beta gamma} -all
即可