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wangyujia木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】VMD画晶胞
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| 我是把.xyz文件用VMD打开，这种文件只有坐标，没有晶胞矢量。我想加上晶胞矢量，并多重复几个晶胞来看晶体结构，不知道用VMD可否实现？谢谢！ |
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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-16 20:39
wangyujia(金币+6,VIP+0):版主们看不过去了，给你加钱了，呵呵！（当然，只是在以小虫之心度版主之腹）我最近囊中羞涩，先把这六个金币给你，等我过几天赚了钱，再给你双倍奉上。你对我的帮助实在是太大了。 10-17 11:16
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-16 20:39
wangyujia(金币+6,VIP+0):版主们看不过去了，给你加钱了，呵呵！（当然，只是在以小虫之心度版主之腹）我最近囊中羞涩，先把这六个金币给你，等我过几天赚了钱，再给你双倍奉上。你对我的帮助实在是太大了。 10-17 11:16
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如果你的晶胞是立方体的 在tkconsole中输入 moinfo top set a x moinfo top set b y moinfo top set c z x , y, z 为你晶胞矢量的数值 单位为埃 vmd mian->Graphical Represention->periodic 想重复几个自己选 |
2楼2009-10-16 18:33:06
wangyujia
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3楼2009-10-16 19:34:52
4楼2009-10-16 19:56:27
wangyujia
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5楼2009-10-16 20:33:28
6楼2009-10-16 21:14:43
wangyujia
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谢谢啊！可是我的问题还是没有完全解决。 1、move的语法是什么啊？我看到说明书中说是move 4*4 matrix，可是把move和相应的matrix敲进去之后它却说invalid command name "move"，对于1.8.7也是这样。 2、VMD中的坐标转换矩阵怎么是四维的啊？第四维是什么？ 3、对于加晶胞的操作真的只能对一个frame有用，要不你试试我的movie？MnS的初基单胞，a=b=c=3.738，alpha=beta=gamma=60度。有劳了，谢谢！ [ Last edited by wangyujia on 2009-11-3 at 16:06 ] |
7楼2009-10-17 15:19:48
8楼2009-10-17 22:02:54
wangyujia
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这个问题对我来说算是解决了，自己编了个小程序，把movie.xyz文件改了，呵呵！ Hello！还要麻烦你一下啊！呵呵！ 以下命令只能对一个frame有用。我也很奇怪，看你写的命令，应该对所有的frame都有用啊！！ set all [atomselect top all] set nf [molinfo top get numframes] for {set i 0} {$i < $nf} {incr i} { $all move [transvecinv {0 0.5 1} ] } 还有一个问题：VMD的默认显示是用line型，这可不可以改啊！每次打开VMD都要把graphical representation里的东西改一下。 [ Last edited by wangyujia on 2009-11-5 at 17:36 ] |
9楼2009-11-03 16:05:52
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