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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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wangyujia

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】VMD画晶胞

我是把.xyz文件用VMD打开,这种文件只有坐标,没有晶胞矢量。我想加上晶胞矢量,并多重复几个晶胞来看晶体结构,不知道用VMD可否实现?谢谢!
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wangyujia

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by childsliu at 2009-10-16 21:14:
利用transvecinv和move命令 把a轴移动到平行x轴
如果所有的frame都在一个molid里
这种设置当然对所有frame有用

谢谢啊!可是我的问题还是没有完全解决。
1、move的语法是什么啊?我看到说明书中说是move 4*4 matrix,可是把move和相应的matrix敲进去之后它却说invalid command name "move",对于1.8.7也是这样。
2、VMD中的坐标转换矩阵怎么是四维的啊?第四维是什么?
3、对于加晶胞的操作真的只能对一个frame有用,要不你试试我的movie?MnS的初基单胞,a=b=c=3.738,alpha=beta=gamma=60度。有劳了,谢谢!

[ Last edited by wangyujia on 2009-11-3 at 16:06 ]
7楼2009-10-17 15:19:48
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-16 20:39
wangyujia(金币+6,VIP+0):版主们看不过去了,给你加钱了,呵呵!(当然,只是在以小虫之心度版主之腹)我最近囊中羞涩,先把这六个金币给你,等我过几天赚了钱,再给你双倍奉上。你对我的帮助实在是太大了。 10-17 11:16
如果你的晶胞是立方体的
在tkconsole中输入
moinfo top set a x
moinfo top set b y
moinfo top set c z
x , y, z 为你晶胞矢量的数值 单位为埃
vmd mian->Graphical Represention->periodic
想重复几个自己选
下苦功,三个字,一个叫下,一个叫苦,一个叫功,一定要振作精神,下苦功。
2楼2009-10-16 18:33:06
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wangyujia

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by childsliu at 2009-10-16 18:33:
如果你的晶胞是立方体的
在tkconsole中输入
moinfo top set a x
moinfo top set b y
moinfo top set c z
x , y, z 为你晶胞矢量的数值 单位为埃
vmd mian->Graphical Represention->periodic
想重复 ...

谢谢啊!很不巧,我的是六方啊!怎么办啊?
ps:你写的命令中少了一个l,应该是molinfo。我先敲了一行,发现错了,然后根据你的命令在说明书中找到了类似的命令,试了一下,OK了!!

[ Last edited by wangyujia on 2009-10-16 at 19:45 ]
3楼2009-10-16 19:34:52
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-16 20:40
wangyujia(金币+12,VIP+0):终于赚了一点钱,关于VMD的这一点你是手把手的把我教会了,谢谢了! 10-19 08:34
加上
molinfo top set alpha a
molinfo top set beta  b
molinfo top set gamma c
a b c 为三个角 单位为度

如果嫌麻烦
直接用pbc set {x y z a b c} 就行了
我用的是VMD1.8.7
下苦功,三个字,一个叫下,一个叫苦,一个叫功,一定要振作精神,下苦功。
4楼2009-10-16 19:56:27
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