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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】VMD画晶胞
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wangyujia

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】VMD画晶胞

我是把.xyz文件用VMD打开，这种文件只有坐标，没有晶胞矢量。我想加上晶胞矢量，并多重复几个晶胞来看晶体结构，不知道用VMD可否实现？谢谢！
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1楼 2009-10-16 17:52:17
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-16 20:39
wangyujia(金币+6,VIP+0):版主们看不过去了，给你加钱了，呵呵！（当然，只是在以小虫之心度版主之腹）我最近囊中羞涩，先把这六个金币给你，等我过几天赚了钱，再给你双倍奉上。你对我的帮助实在是太大了。 10-17 11:16
如果你的晶胞是立方体的
在tkconsole中输入
moinfo top set a x
moinfo top set b y
moinfo top set c z
x , y, z 为你晶胞矢量的数值 单位为埃
vmd mian->Graphical Represention->periodic
想重复几个自己选
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
2楼2009-10-16 18:33:06
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wangyujia

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by childsliu at 2009-10-16 18:33:
如果你的晶胞是立方体的
在tkconsole中输入
moinfo top set a x
moinfo top set b y
moinfo top set c z
x , y, z 为你晶胞矢量的数值 单位为埃
vmd mian->Graphical Represention->periodic
想重复 ...

谢谢啊！很不巧，我的是六方啊！怎么办啊？
ps：你写的命令中少了一个l，应该是molinfo。我先敲了一行，发现错了，然后根据你的命令在说明书中找到了类似的命令，试了一下，OK了！！

[ Last edited by wangyujia on 2009-10-16 at 19:45 ]
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3楼2009-10-16 19:34:52
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-16 20:40
wangyujia(金币+12,VIP+0):终于赚了一点钱，关于VMD的这一点你是手把手的把我教会了，谢谢了！ 10-19 08:34
加上
molinfo top set alpha a
molinfo top set beta  b
molinfo top set gamma c
a b c 为三个角 单位为度

如果嫌麻烦
直接用pbc set {x y z a b c} 就行了
我用的是VMD1.8.7
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
4楼2009-10-16 19:56:27
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wangyujia

木虫 (正式写手)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-3 20:32
引用回帖:
Originally posted by childsliu at 2009-10-16 19:56:
加上
molinfo top set alpha a
molinfo top set beta  b
molinfo top set gamma c
a b c 为三个角 单位为度

如果嫌麻烦
直接用pbc set {x y z a b c} 就行了
我用的是VMD1.8.7

摸了一段时间，我算是弄明白了。a轴一定得平行于VMD中的x轴，其它的就随便了。但是我以往建的晶胞都设置的是b轴平行于y轴啊！结果a轴和x轴差了30度，请问我这种情况能在VMD中画出合理的晶胞吗？
pbc那个命令我用不了，估计是版本的问题，我以后下一个1.8.7看看。
还有一个问题，这种设置只是对VMD中的一个frame有用，我想看晶胞的movie，能否把所有的frame都设置成这种晶胞？
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5楼2009-10-16 20:33:28
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的
★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 10-16 21:19
利用transvecinv和move命令 把a轴移动到平行x轴
如果所有的frame都在一个molid里
这种设置当然对所有frame有用
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
6楼2009-10-16 21:14:43
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wangyujia

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by childsliu at 2009-10-16 21:14:
利用transvecinv和move命令 把a轴移动到平行x轴
如果所有的frame都在一个molid里
这种设置当然对所有frame有用

谢谢啊！可是我的问题还是没有完全解决。
1、move的语法是什么啊？我看到说明书中说是move 4*4 matrix，可是把move和相应的matrix敲进去之后它却说invalid command name "move"，对于1.8.7也是这样。
2、VMD中的坐标转换矩阵怎么是四维的啊？第四维是什么？
3、对于加晶胞的操作真的只能对一个frame有用，要不你试试我的movie？MnS的初基单胞，a=b=c=3.738，alpha=beta=gamma=60度。有劳了，谢谢！

[ Last edited by wangyujia on 2009-11-3 at 16:06 ]
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7楼2009-10-17 15:19:48
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childsliu

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二当家的
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-18 13:23
对于晶胞我不太熟悉 就先假定a轴矢量为{0 0.5 1.0}为例
tkconsole:
CODE:
set all [atomselect top all]
set nf [molinfo top get numframes]
for {set i 0} {$i < $nf} {incr i} {
     $all move [transvecinv {0 0.5 1}]
}

以上将a轴平行于x轴
如果情况不对 可以继续讨论

对所有frames可以周期性显示的问题
建议安装vmd1.8.7
tkconsole：
pbc set {a b c alpha beta gamma} -all
即可
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
8楼2009-10-17 22:02:54
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wangyujia

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by childsliu at 2009-10-17 22:02:
对于晶胞我不太熟悉 就先假定a轴矢量为{0 0.5 1.0}为例
tkconsole:

[code]
set all [atomselect top all]
set nf [molinfo top get numframes]
for {set i 0} {$i < $nf} {incr i} {
     $all move [ ...

这个问题对我来说算是解决了，自己编了个小程序，把movie.xyz文件改了，呵呵！

Hello！还要麻烦你一下啊！呵呵！

以下命令只能对一个frame有用。我也很奇怪，看你写的命令，应该对所有的frame都有用啊！！
set all [atomselect top all]
set nf [molinfo top get numframes]
for {set i 0} {$i < $nf} {incr i} {
     $all move [transvecinv {0 0.5 1} ] }

还有一个问题：VMD的默认显示是用line型，这可不可以改啊！每次打开VMD都要把graphical representation里的东西改一下。

[ Last edited by wangyujia on 2009-11-5 at 17:36 ]
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9楼2009-11-03 16:05:52
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