应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】VMD画晶胞
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1334  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

wangyujia

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】VMD画晶胞

我是把.xyz文件用VMD打开，这种文件只有坐标，没有晶胞矢量。我想加上晶胞矢量，并多重复几个晶胞来看晶体结构，不知道用VMD可否实现？谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-10-16 17:52:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyujia

木虫 (正式写手)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-3 20:32
引用回帖:
Originally posted by childsliu at 2009-10-16 19:56:
加上
molinfo top set alpha a
molinfo top set beta  b
molinfo top set gamma c
a b c 为三个角 单位为度

如果嫌麻烦
直接用pbc set {x y z a b c} 就行了
我用的是VMD1.8.7

摸了一段时间，我算是弄明白了。a轴一定得平行于VMD中的x轴，其它的就随便了。但是我以往建的晶胞都设置的是b轴平行于y轴啊！结果a轴和x轴差了30度，请问我这种情况能在VMD中画出合理的晶胞吗？
pbc那个命令我用不了，估计是版本的问题，我以后下一个1.8.7看看。
还有一个问题，这种设置只是对VMD中的一个frame有用，我想看晶胞的movie，能否把所有的frame都设置成这种晶胞？
赞一下(10人) 回复此楼
5楼2009-10-16 20:33:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-16 20:39
wangyujia(金币+6,VIP+0):版主们看不过去了，给你加钱了，呵呵！（当然，只是在以小虫之心度版主之腹）我最近囊中羞涩，先把这六个金币给你，等我过几天赚了钱，再给你双倍奉上。你对我的帮助实在是太大了。 10-17 11:16
如果你的晶胞是立方体的
在tkconsole中输入
moinfo top set a x
moinfo top set b y
moinfo top set c z
x , y, z 为你晶胞矢量的数值 单位为埃
vmd mian->Graphical Represention->periodic
想重复几个自己选
赞一下(11人) 回复此楼
下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
2楼2009-10-16 18:33:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyujia

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by childsliu at 2009-10-16 18:33:
如果你的晶胞是立方体的
在tkconsole中输入
moinfo top set a x
moinfo top set b y
moinfo top set c z
x , y, z 为你晶胞矢量的数值 单位为埃
vmd mian->Graphical Represention->periodic
想重复 ...

谢谢啊！很不巧，我的是六方啊！怎么办啊？
ps：你写的命令中少了一个l，应该是molinfo。我先敲了一行，发现错了，然后根据你的命令在说明书中找到了类似的命令，试了一下，OK了！！

[ Last edited by wangyujia on 2009-10-16 at 19:45 ]
赞一下 回复此楼
3楼2009-10-16 19:34:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-16 20:40
wangyujia(金币+12,VIP+0):终于赚了一点钱，关于VMD的这一点你是手把手的把我教会了，谢谢了！ 10-19 08:34
加上
molinfo top set alpha a
molinfo top set beta  b
molinfo top set gamma c
a b c 为三个角 单位为度

如果嫌麻烦
直接用pbc set {x y z a b c} 就行了
我用的是VMD1.8.7
赞一下(12人) 回复此楼
下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
4楼2009-10-16 19:56:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料与化工371求调剂 +10 陪琳看海 2026-04-04 10/500 2026-04-05 15:20 by luoyongfeng
[考研] 求调剂 +4 wos666 2026-04-03 4/200 2026-04-05 11:48 by arrow8852
[考研] 电子信息调剂交叉学科有推荐吗 +6 jhtfeybgj 2026-04-01 9/450 2026-04-05 11:13 by 猪会飞
[考研] 270求调剂 +9 小杰pp 2026-03-31 11/550 2026-04-05 11:02 by 风雨无晴
[考研] 0703化学 +12 妮妮ninicgb 2026-04-04 13/650 2026-04-05 10:46 by 啊俊！
[考研] 280求调剂 +3 李rien 2026-04-04 3/150 2026-04-04 23:32 by lqwchd
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +4 zhouzhen654 2026-04-03 4/200 2026-04-04 18:10 by 猪会飞
[考研] 22408求调剂 354分 可跨专业 +3 hannnnnnn 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:35 by 土木硕士招生
[考研] 350一志愿北京航空航天大学08500材料科学与工程求调剂 +5 kjnasfss 2026-04-03 5/250 2026-04-03 22:29 by 无际的草原
[考研] 292求调剂 +21 是妍子也是研子 2026-03-30 22/1100 2026-04-03 21:44 by qlm5820
[考研] 303求调剂 +9 DLkz1314. 2026-03-30 9/450 2026-04-03 18:34 by ls刘帅
[考研] 282求调剂 +5 呼吸都是减肥 2026-03-31 5/250 2026-04-03 12:03 by 1753564080
[考研] 313求调剂 +3 ～微微凉～ 2026-04-03 3/150 2026-04-03 11:25 by 啵啵啵0119
[考研] 一志愿大工学硕，求调剂 +4 yub0811 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:36 by 百灵童888
[考研] 264分，求任意工科调剂 +4 zzlqwq 2026-03-29 5/250 2026-04-02 17:17 by 何曾几何
[考研] 318求调剂，计算材料方向 +10 吸喵有害笙命 2026-04-01 11/550 2026-04-02 16:29 by oooqiao
[考研] 08工科求调剂290分 +5 1314捧花 2026-04-02 8/400 2026-04-02 13:16 by 乔哒哒哒
[考研] 322求调剂 +8 三水sss 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:19 by 唐沐儿
[考研] 求调剂，一志愿北林食品与营养095500，301分，已过六级，有科研经历 +4 快乐储蓄罐 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:26 by JourneyLucky
[考研] 一志愿浙江大学工科动力工程370,数一121,专业课135，现在能去哪里 +3 080700调剂 2026-03-30 4/200 2026-03-31 12:00 by KLMY666
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭