命令行下
measure bond {{<atomid1> [<molid1>]} {<atomid2> [<molid2>]}} [molid <default molid>] [frame <frame|all|last> | first <first> last <last>]]

GUI下
Mouse > Label > Bonds， 或是在激活3D 窗口的条件下按2
鼠标会变成+，然后依次点击2个原子即可，
Graphics > Label 可以进行更多的操作，

谢谢啊，命令行下貌似比较烦啊，原子id怎么知道呢？

原子id，又叫index，就是在pdb 文件中的序号，
因vmd 是0-based，所以需要减一

MS就能干这个 方便 点着哪个就量

vmd也是鼠标点两下就出结果。

另外给出命令行的法子是方便你写脚本批处理。想想如果几百个原子你一个个点是什么感觉？

各擅胜场。

命令行才算vmd 的精华，
做一些精美的图片只不过是它的业余功能而已，尽管在同类软件中依然无出其右。