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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】据说vmd中能够测量两个原子之间的距离
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hooge

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】据说vmd中能够测量两个原子之间的距离

据说vmd可以测量两个原子之间的距离，用什么命令还是用什么方法啊？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:48 ]
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世界是分为你和他人两个方面的！
1楼 2009-09-14 21:04:27
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-15 14:25
命令行下
measure bond {{ []} { []}} [molid ] [frame | first last ]]

GUI下
Mouse > Label > Bonds， 或是在激活3D 窗口的条件下按2
鼠标会变成+，然后依次点击2个原子即可，
Graphics > Label 可以进行更多的操作
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2楼2009-09-14 21:22:42
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hooge

木虫 (正式写手)
谢谢啊，命令行下貌似比较烦啊，原子id怎么知道呢？
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世界是分为你和他人两个方面的！
3楼2009-09-14 21:52:18
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-15 14:24
原子id，又叫index，就是在pdb 文件中的序号，
因vmd 是0-based，所以需要减一
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4楼2009-09-14 22:07:48
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lei0736

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优秀版主
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-15 14:24
MS就能干这个 方便 点着哪个就量
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5楼2009-09-15 09:08:01
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wally8962

木虫 (著名写手)
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vmd也是鼠标点两下就出结果。

另外给出命令行的法子是方便你写脚本批处理。想想如果几百个原子你一个个点是什么感觉？

各擅胜场。
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6楼2009-09-15 09:20:53
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-15 14:23
命令行才算vmd 的精华，
做一些精美的图片只不过是它的业余功能而已，尽管在同类软件中依然无出其右。
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7楼2009-09-15 09:50:32
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