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hooge

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】据说vmd中能够测量两个原子之间的距离

据说vmd可以测量两个原子之间的距离,用什么命令还是用什么方法啊?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:48 ]
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

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命令行下
measure bond {{ []} { []}} [molid ] [frame | first last ]]

GUI下
Mouse > Label > Bonds, 或是在激活3D 窗口的条件下按2
鼠标会变成+,然后依次点击2个原子即可,
Graphics > Label 可以进行更多的操作
2楼2009-09-14 21:22:42
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hooge

木虫 (正式写手)

谢谢啊,命令行下貌似比较烦啊,原子id怎么知道呢?
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3楼2009-09-14 21:52:18
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bay__gulf

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原子id,又叫index,就是在pdb 文件中的序号,
因vmd 是0-based,所以需要减一
4楼2009-09-14 22:07:48
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lei0736

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MS就能干这个 方便 点着哪个就量
5楼2009-09-15 09:08:01
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wally8962

木虫 (著名写手)

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vmd也是鼠标点两下就出结果。

另外给出命令行的法子是方便你写脚本批处理。想想如果几百个原子你一个个点是什么感觉?

各擅胜场。
6楼2009-09-15 09:20:53
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bay__gulf

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命令行才算vmd 的精华,
做一些精美的图片只不过是它的业余功能而已,尽管在同类软件中依然无出其右。
7楼2009-09-15 09:50:32
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