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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】据说vmd中能够测量两个原子之间的距离
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hooge

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】据说vmd中能够测量两个原子之间的距离

据说vmd可以测量两个原子之间的距离，用什么命令还是用什么方法啊？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:48 ]
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世界是分为你和他人两个方面的！
1楼2009-09-14 21:04:27
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hooge

木虫 (正式写手)
谢谢啊，命令行下貌似比较烦啊，原子id怎么知道呢？
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世界是分为你和他人两个方面的！
3楼2009-09-14 21:52:18
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-15 14:25
命令行下
measure bond {{ []} { []}} [molid ] [frame | first last ]]

GUI下
Mouse > Label > Bonds， 或是在激活3D 窗口的条件下按2
鼠标会变成+，然后依次点击2个原子即可，
Graphics > Label 可以进行更多的操作
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2009-09-14 21:22:42
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-15 14:24
原子id，又叫index，就是在pdb 文件中的序号，
因vmd 是0-based，所以需要减一
赞一下(12人) 回复此楼
4楼2009-09-14 22:07:48
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-15 14:24
MS就能干这个 方便 点着哪个就量
赞一下(11人) 回复此楼
5楼2009-09-15 09:08:01
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