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【求助】特别初级问题(如何编写、运行vasp脚本)

作者 fangyongxinxi
来源: 小木虫 1150 23 举报帖子
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现在的情况:比较熟悉linux 系统,ms软件,atk软件及atk脚本生成和运行方法。
                     vasp才开始接触
现在的需求:想接触vasp,看手册2天,手工实验一上午。

现在自己只会运行一些简单的例子,比如参考书中的单分子能量,结构优化,具体的命令只会把四个文件放一起,然后./vasp运行,然后分析结果。
vasp中文手册中有关于生成脚本和脚本运行的相关例子,自己却一点都搞不得如何生成脚本,如何用命令执行脚本。

具体问题:如何生成vasp脚本(什么语言写的,最好生成过程的给个例子);
                 在运行vasp脚本时,命令如何?

因为是初学者,麻烦大家了

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  • 精华评论
  • xbaobei

    我运行脚本的时候有错。。不知道具体怎么更改,还请高手们指点指点呀

    脚本文件是
    #! /bin/bash
    BIN=/home/yyr/bin/vasp
    rm WAVECAR
    for i in  3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3 ; do
    cat >POSCAR <<!
    fcc:
       $i
    0.5 0.5 0.0
    0.0 0.5 0.5
    0.5 0.0 0.5
       1
    cartesian
    0 0 0
    !
    echo "a= $i" ; $BIN
    E=`tail -1 OSZICAR` ; echo $i $E  >>SUMMARY.fcc
    done
    cat SUMMARY.fcc

    但是./loop.sh之后
    rm: cannot remove `WAVECAR': No such file or directory
    a= 3.5
    Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
    FORTRAN STOP
    tail: cannot open `OSZICAR' for reading: No such file or directory


    我是把脚本,INCAR,POTCAR,KPOINT,都放在一个文件夹里面运行的,是不是节点选取的问题呢,具体怎么解决呢,

  • hlshi

    出现这个错误“Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.”
    应该是你当前目录下没有POTCAR文件,或者该文件是空的

    引用回帖:
    Originally posted by xbaobei at 2009-8-14 16:55:
    我运行脚本的时候有错。。不知道具体怎么更改,还请高手们指点指点呀

    脚本文件是
    #! /bin/bash
    BIN=/home/yyr/bin/vasp
    rm WAVECAR
    for i in  3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3 ; do
    cat >POSCAR  ...

  • xbaobei

    有POTCAR文件的呀。。我用得是集群。。不知道这个和节点的选取方法是不是有关呢?IMAGES好像是the number of nodes ,但是我在INCAR文件里加上IMAGES=1或2 还是一样的错误。。不知道怎么办呢?

  • chuzhaonan

    ATK的执行很简单,vasp的脚本需要自己编写,网上也有共享的,应该也不麻烦

  • xbaobei

    我的脚本是在网上copy的。。课时执行起来有点问题。。

  • veryman

    引用回帖:
    Originally posted by xbaobei at 2009-8-14 16:55:
    我运行脚本的时候有错。。不知道具体怎么更改,还请高手们指点指点呀

    脚本文件是
    #! /bin/bash
    BIN=/home/yyr/bin/vasp
    rm WAVECAR
    for i in  3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3 ; do
    cat >POSCAR  ...

    脚本没什么问题,应该还是出在INCAR上。
    建议你单开一个贴把INCAR贴出来大家讨论下。

  • xbaobei

    INCAR文件是

    general:
    System = fcc Si
    ISTART = 0 ; ICHARG=2
    ENCUT  =    240
    ISMEAR = 0; SIGMA = 0.1
      

    应该是没错的,这些输入文件都是VASP自带的例子。。主要的问题应该是处在集群的节点连接上

  • ustbmars

    很大可能是机群节点的连接问题,或者vasp在当前节点编译完但其在它节点并不可正确调用,建议先只用一个节点(编译vasp的那个)试试,如果没再出问题就是这个原因了。

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