【求助】特别初级问题(如何编写、运行vasp脚本)
现在的情况:比较熟悉linux 系统,ms软件,atk软件及atk脚本生成和运行方法。
vasp才开始接触
现在的需求:想接触vasp,看手册2天,手工实验一上午。
现在自己只会运行一些简单的例子,比如参考书中的单分子能量,结构优化,具体的命令只会把四个文件放一起,然后./vasp运行,然后分析结果。
vasp中文手册中有关于生成脚本和脚本运行的相关例子,自己却一点都搞不得如何生成脚本,如何用命令执行脚本。
具体问题:如何生成vasp脚本(什么语言写的,最好生成过程的给个例子);
在运行vasp脚本时,命令如何?
因为是初学者,麻烦大家了
6个金币相送。
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京公网安备 11010802022153号
我运行脚本的时候有错。。不知道具体怎么更改,还请高手们指点指点呀
脚本文件是
#! /bin/bash
BIN=/home/yyr/bin/vasp
rm WAVECAR
for i in 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3 ; do
cat >POSCAR <<!
fcc:
$i
0.5 0.5 0.0
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
1
cartesian
0 0 0
!
echo "a= $i" ; $BIN
E=`tail -1 OSZICAR` ; echo $i $E >>SUMMARY.fcc
done
cat SUMMARY.fcc
但是./loop.sh之后
rm: cannot remove `WAVECAR': No such file or directory
a= 3.5
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
FORTRAN STOP
tail: cannot open `OSZICAR' for reading: No such file or directory
我是把脚本,INCAR,POTCAR,KPOINT,都放在一个文件夹里面运行的,是不是节点选取的问题呢,具体怎么解决呢,
出现这个错误“Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.”
应该是你当前目录下没有POTCAR文件,或者该文件是空的
有POTCAR文件的呀。。我用得是集群。。不知道这个和节点的选取方法是不是有关呢?IMAGES好像是the number of nodes ,但是我在INCAR文件里加上IMAGES=1或2 还是一样的错误。。不知道怎么办呢?
ATK的执行很简单,vasp的脚本需要自己编写,网上也有共享的,应该也不麻烦
我的脚本是在网上copy的。。课时执行起来有点问题。。
脚本没什么问题,应该还是出在INCAR上。
建议你单开一个贴把INCAR贴出来大家讨论下。
INCAR文件是
general:
System = fcc Si
ISTART = 0 ; ICHARG=2
ENCUT = 240
ISMEAR = 0; SIGMA = 0.1
应该是没错的,这些输入文件都是VASP自带的例子。。主要的问题应该是处在集群的节点连接上
很大可能是机群节点的连接问题,或者vasp在当前节点编译完但其在它节点并不可正确调用,建议先只用一个节点(编译vasp的那个)试试,如果没再出问题就是这个原因了。