| 查看: 2864 | 回复: 23 | ||||
| 当前主题已经存档。 | ||||
fangyongxinxi新虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助】特别初级问题(如何编写、运行vasp脚本)
|
|||
|
现在的情况：比较熟悉linux 系统，ms软件，atk软件及atk脚本生成和运行方法。 vasp才开始接触 现在的需求：想接触vasp,看手册2天，手工实验一上午。 现在自己只会运行一些简单的例子，比如参考书中的单分子能量，结构优化，具体的命令只会把四个文件放一起，然后./vasp运行，然后分析结果。 vasp中文手册中有关于生成脚本和脚本运行的相关例子，自己却一点都搞不得如何生成脚本，如何用命令执行脚本。 具体问题：如何生成vasp脚本（什么语言写的，最好生成过程的给个例子）； 在运行vasp脚本时，命令如何？ 因为是初学者，麻烦大家了 6个金币相送。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 VASP |
» 猜你喜欢
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有123人回复
-
今天基金会出结果吗？20260819
已经有13人回复
-
时间戳变了，能看出什么问题？
已经有16人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有13人回复
-
为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？
已经有5人回复
-
今天放榜没戏了吧
已经有5人回复
-
今天放榜吗？
已经有15人回复
-
filecode=后面第一个是大写字母
已经有12人回复
-
2027广东省杰青
已经有10人回复
-
朋友圈看到的
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
fangyongxinxi
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 41
- 散金: 69
- 红花: 3
- 帖子: 876
- 在线: 138.5小时
- 虫号: 437418
- 注册: 2007-08-26
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
3楼2009-07-27 15:00:45
veryman
木虫 (正式写手)
$_$
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 6793.4
- 散金: 5673
- 红花: 6
- 帖子: 479
- 在线: 206.6小时
- 虫号: 77254
- 注册: 2005-06-28
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zxzj05(金币+2,VIP+0):3Q!~ ^_^ 鼓励讨论！ 7-28 16:27
fangyongxinxi(金币+2,VIP+0): 7-29 09:57
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zxzj05(金币+2,VIP+0):3Q!~ ^_^ 鼓励讨论！ 7-28 16:27
fangyongxinxi(金币+2,VIP+0): 7-29 09:57
|
楼主给金币给的好快…… 补充一点，vasp使用脚本的目的是为了用脚本来循环改变vasp的输入文件，多次运行vasp后把自己需要的数据保存下来。可以简化输入过程，一次实现大量相关计算任务。 这里用到的shell脚本可以基本分为三部分： 1. 循环改变VASP的输入文件，常用for循环，改变INCAR、POSCAR、KPOINTS等文件中的参数。 2.执行vasp的命令。如：mpirun -np 16 vasp 3.保存数据，常用echo >>将多次循环中的统一参数保存到同一文件中以便比较，或者将每次计算的OUTCAR、DOSCAR等文件分别拷出。 |
6楼2009-07-27 15:38:25
fangyongxinxi
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 41
- 散金: 69
- 红花: 3
- 帖子: 876
- 在线: 138.5小时
- 虫号: 437418
- 注册: 2007-08-26
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
2楼2009-07-27 14:56:40
六198
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1544.4
- 散金: 20
- 红花: 2
- 帖子: 697
- 在线: 92小时
- 虫号: 470500
- 注册: 2007-11-29
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
4楼2009-07-27 15:14:35
veryman
木虫 (正式写手)
$_$
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 6793.4
- 散金: 5673
- 红花: 6
- 帖子: 479
- 在线: 206.6小时
- 虫号: 77254
- 注册: 2005-06-28
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
5楼2009-07-27 15:21:11
mazuju028
木虫 (正式写手)
- 1ST强帖: 2
- 应助: 30 (小学生)
- 贵宾: 0.141
- 金币: 2770.4
- 散金: 528
- 红花: 10
- 帖子: 943
- 在线: 419.5小时
- 虫号: 668835
- 注册: 2008-12-05
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
7楼2009-07-27 19:31:45
fangyongxinxi
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 41
- 散金: 69
- 红花: 3
- 帖子: 876
- 在线: 138.5小时
- 虫号: 437418
- 注册: 2007-08-26
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
8楼2009-07-28 08:45:46
我的脚本运行失败了。。
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励交流 8-16 17:34
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励交流 8-16 17:34
|
我运行脚本的时候有错。。不知道具体怎么更改，还请高手们指点指点呀 脚本文件是 #! /bin/bash BIN=/home/yyr/bin/vasp rm WAVECAR for i in 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3 ; do cat >POSCAR < fcc: $i 0.5 0.5 0.0 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 1 cartesian 0 0 0 ! echo "a= $i" ; $BIN E=`tail -1 OSZICAR` ; echo $i $E >>SUMMARY.fcc done cat SUMMARY.fcc 但是./loop.sh之后 rm: cannot remove `WAVECAR': No such file or directory a= 3.5 Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. FORTRAN STOP tail: cannot open `OSZICAR' for reading: No such file or directory 我是把脚本，INCAR，POTCAR，KPOINT，都放在一个文件夹里面运行的，是不是节点选取的问题呢，具体怎么解决呢？ |
9楼2009-08-14 16:55:50
10楼2009-08-15 12:02:06
