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fangyongxinxi新虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】特别初级问题(如何编写、运行vasp脚本)
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现在的情况：比较熟悉linux 系统，ms软件，atk软件及atk脚本生成和运行方法。 vasp才开始接触 现在的需求：想接触vasp,看手册2天，手工实验一上午。 现在自己只会运行一些简单的例子，比如参考书中的单分子能量，结构优化，具体的命令只会把四个文件放一起，然后./vasp运行，然后分析结果。 vasp中文手册中有关于生成脚本和脚本运行的相关例子，自己却一点都搞不得如何生成脚本，如何用命令执行脚本。 具体问题：如何生成vasp脚本（什么语言写的，最好生成过程的给个例子）； 在运行vasp脚本时，命令如何？ 因为是初学者，麻烦大家了 6个金币相送。 |
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 VASP |
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fangyongxinxi
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3楼2009-07-27 15:00:45
veryman
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楼主给金币给的好快…… 补充一点，vasp使用脚本的目的是为了用脚本来循环改变vasp的输入文件，多次运行vasp后把自己需要的数据保存下来。可以简化输入过程，一次实现大量相关计算任务。 这里用到的shell脚本可以基本分为三部分： 1. 循环改变VASP的输入文件，常用for循环，改变INCAR、POSCAR、KPOINTS等文件中的参数。 2.执行vasp的命令。如：mpirun -np 16 vasp 3.保存数据，常用echo >>将多次循环中的统一参数保存到同一文件中以便比较，或者将每次计算的OUTCAR、DOSCAR等文件分别拷出。 |
6楼2009-07-27 15:38:25
fangyongxinxi
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4楼2009-07-27 15:14:35
veryman
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7楼2009-07-27 19:31:45
fangyongxinxi
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8楼2009-07-28 08:45:46
我的脚本运行失败了。。
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我运行脚本的时候有错。。不知道具体怎么更改，还请高手们指点指点呀 脚本文件是 #! /bin/bash BIN=/home/yyr/bin/vasp rm WAVECAR for i in 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3 ; do cat >POSCAR < fcc: $i 0.5 0.5 0.0 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 1 cartesian 0 0 0 ! echo "a= $i" ; $BIN E=`tail -1 OSZICAR` ; echo $i $E >>SUMMARY.fcc done cat SUMMARY.fcc 但是./loop.sh之后 rm: cannot remove `WAVECAR': No such file or directory a= 3.5 Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. FORTRAN STOP tail: cannot open `OSZICAR' for reading: No such file or directory 我是把脚本，INCAR，POTCAR，KPOINT，都放在一个文件夹里面运行的，是不是节点选取的问题呢，具体怎么解决呢？ |
9楼2009-08-14 16:55:50
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