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【求助】如何做电荷密度图和差分电荷密度图?

作者 erylingjet
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如何做电荷密度图和差分电荷密度图?

                         望高手赐教!


                                                想要那种平面分布的轮廓图


[ Last edited by erylingjet on 2009-7-2 at 10:55 ]

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  • 精华评论
  • zhou2009

    这里贴出的是直接作HF分子、H和F原子的ρ,将它们作Δρ。与上面另一幅精确用MO、AO作的基本一致。因为只是为了比照,只在sigmaplot中作等值线草图,既没有改成虚实线,也没有调整等值线标度使之清楚。只是想说明这两张图何其相似乃尔。粗陋之处请原谅!

    这种直接用ρ来作Δρ显然更加易于操作,有时还不得不这样作,找相应的MO和AO并不总是那么容易。但是也必须注意到,直接用ρ来作Δρ虽然开头容易,但生成的
    Δρ可能会更复杂一些,给密度净变化的指认带来困难。



    [ Last edited by zhou2009 on 2009-7-4 at 08:43 ]

  • yytsnake

    还有一问题请教,生成电荷密度时,用SCF?MP2还是NBO?哪个更合理一些?需要在控制行中加些什么关键词?

  • zhou2009

    生成电荷密度时,用SCF。

    在控制行中加关键词cube=(Orbitals,cards)

    或者调用cubegen命令来作。

    [ Last edited by zhou2009 on 2009-7-4 at 14:59 ]

  • yytsnake

    也就是说直接优化结构,然后生成FCHECK文件,再生成 CUBE文件就可以了?可是有大侠讨论过,说SCF生成的电荷分布不太合理,甚至是有些离谱,建议用NBO布居分析的结果来代替,那么,用这样的数据来讨论是否会有问题呢?

  • zhou2009

    是的,直接优化结构,然后生成FCH文件,再生成 CUBE文件就可以了。
    但是如果是作Δρ,直接用关键词CUBE,就直接生成CUBE文件了。

    说SCF生成的电荷分布不太合理,甚至是有些离谱,建议用NBO布居分析的结果来代替,那么,用这样的数据来讨论是否会有问题呢?

    这是两回事。

    SCF生成的电荷分布不太合理,甚至是有些离谱,不是SCF的问题,而是将SCF的数据此后进一步分析为集居数产生的问题,如将成键原子中间的电子均分给原子双方、更严重的是将σ、π、pi、δ等电子的变化头发胡子一把抓地归结到一个原子上形成净电荷造成的,实与SCF无关。

    NBO布居分析也是为了解决将电荷划归原子而作出的后处理,也还远不能令人满意,同样会生成的电荷分布不太合理,甚至是有些离谱。并没有从根本上解决问题。

    这些,都是习惯将电荷人为地划分给原子惹的祸。

    而ρ、Δρ它直接从SCF来,它是空间分布在原子周围的,ρ是真实的形象表达,Δρ是如实的科学抽象的图形表达,原子上的净电荷还原为电荷在空间的净变化了,都没有什么人为造成的错处。
    它既不将成键原子中间的电子均分给原子双方,它就是一个空间如实的分布。还会将σ、π、pi、δ等电子的变化分别去作出图来研究、考察。

    为此,我正在写一篇这方面的文章,专门讲电荷。

    [ Last edited by zhou2009 on 2009-7-4 at 10:19 ],

  • yytsnake

    希望能早日看到你的大作。想学习理论计算,看来要学的东西还很多。不过目前就你看来,对于原子电荷,哪种理论方法更合理一些?毕竟时常有人借原子电荷的分布来讨论反应的亲电性或亲核性。

  • zhou2009

    我也一直在寻找,但我认为,目前把分子中电荷归结为原子的净电荷方法尚没有合理的、合用的。
    也许传统的一定要把电荷人为划归原子本来就不是合理的,不反映客观存在。

    所以可以用ρ图或Δρ图来看。

    [ Last edited by zhou2009 on 2009-7-4 at 15:24 ]

  • yytsnake

    引用回帖:
    Originally posted by zhou2009 at 2009-7-4 10:25:
    我也一直在寻找,但我认为,目前把分子中电荷归结为原子的净电荷方法尚没有合理的、合用的。
    也许传统的一定要把电荷人为划归原子本来就不是合理的,不反映客观存在。

    所以可以用ρ图或Δρ图来看。

    [ La ...

    菜鸟的问题:
    NBO分析可同时产生AOs和MOs(同时有PNAOs和PNMOs)能否利用这些轨道来计算电子密度图和差图?这样可以省略单算AOs的过程,同时保证所有的数据均在同等环境下产生。
    下图是用NBO的一个π轨道经GSGRID平方乘2生成的图形。请大侠指教。

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