什么模块阿？最好好好分析一下内存占用和硬盘I/O，确定瓶颈在哪里

虽然我一直用linux 不过还是说老实话
不见得linux算东西就快
如果你的内存需求不大，内存大计算速度也不会快的。
还有就是编译器的问题吧
linux 下不同编译器编译出来的东西速度区别很大

具体的运算速度跟编译器关系很大的
windows下很多编译器其实还是算不错的
linux下gcc gfortran虽然兼容性比较好。但是在优化方面做的不是很好。
我自己试过用 ICC for linux和gfortran相比，在IA64构架下比gfotran快4倍左右。当然，每个人算的东西不一样不能以偏概全。

所以现在有人尝试使用使用intel的编译器重新编译linux内核。据称是有40％的性能增加，真实性如何就说不清楚了。

比如早期的matlab 6.5 for linux就比matlab for windows运行时计算速度慢很多，现在的差距比较小了。

linux 的优点是 灵活，稳定吧。如果你对linux 属性，也可以节省很多买正版windows的开销。


你看看你运行时占用的内存吧
top一下看看 计算的那个进程内存用量

free -m看看你系统当前的内存使用情况，

能说一下你具体的应用么？用什么软件？

如果是自己编译的源代码的话，intel的机器用ifort+intel mkl，amd的机器用pathscale+acml，非x86的就用自家编译器，除非不要求性能，要不不推荐gcc和gfortran。

如果是现成的软件的话，我认为你的瓶颈可能在内存或者磁盘上,内存楼上说了，对于磁盘你可以用iostat（没有的话装一下sysstat这个包）看看io状态，然后决定一下是否升级存储。

我用的是MS，intel的机器！

你算多大的体系，这个很重要。呵呵

如果跑几分钟，10几分钟之类的没优势

测试个24小时的作业

另一个可能问题是你都使用了图形界面。

我自己的应用是，我用过的几乎所有程序，大点的任务，linux都快了很多

看体系的大小了，如果你的体系占用的内存不超2G，两者时间开销相近就容易理解了。LINUX快是一个不确切的说法，我的理解是LINUX更容易定制，更稳定，所以被广泛用于计算的操作系统。