不超过100个原子，b3lyp/6-31g双核计算机能算动。如果算不动可以考虑3-21G

b3lyp是杂化泛函，包括hf交换能，比blyp慢。
一般来说对大部分化学问题b3lyp能得到较好的结果，如楼上所说，b3lyp/6-31g算100原子以内没问题。

当然如果你体系比较大的话就只能用纯gga（比如blyp,pbe,pw91之类的），这个本身就快，还可以采用密度拟合之类的技术加速，机器好，对称性高的话几百个原子也能算动。

当然你最好看看别人做相似的体系用什么方法，

准确的说B3LYP是杂密度泛函（一个相关泛函，几种交换泛函的混合作为体系的交换泛函），BLYP是纯密度泛函（一个相关泛函和一个交换泛函），B是人名，Becke，LYP是Lee、Yangweitao（杨伟涛）、Parr，3代表引用的3个参数。B3LYP比较精确。

这要根据你要计算什么性质有关，不能说那种比那种好，各有千秋！如果计算反应过渡态，光谱等性质B3LYP比较好！