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【求助】vasp运行过程中如何查看计算是否停止

作者 channe: 来源: 小木虫 400 8 举报帖子

如题，在vasp运行过程中，比如正在做优化，用bjobs显示任务正在running,可是有时会因为某些原因实际已经停止计算了，比如优化时如果已经跑过NSW步还没没有收敛的话就会停止计算，可是bjobs还是会显示running,请问在哪个文件中可以看出实际还在不在计算

[ Last edited by wuchenwf on 2009-6-21 at 21:07 ] 返回小木虫查看更多

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精华评论

灯塔守望者

隔断时间看看OSZICAR，看看不是在继续优化。这是一个笨办法。
hakuna

top看时间是否还在继续
channe

多谢指教，top查看这后发现我的用户名对应的time显示的是0：00，是不是意味着我的计算就停止了，可为什么上面的cpu显示为%0.3，这是什么意思，如果还占用cpu的话，那不是还在计算吗，不懂耶
dead_soul

引用回帖:
Originally posted by channe at 2008-11-8 12:11:
多谢指教，top查看这后发现我的用户名对应的time显示的是0：00，是不是意味着我的计算就停止了，可为什么上面的cpu显示为%0.3，这是什么意思，如果还占用cpu的话，那不是还在计算吗，不懂耶

一般是直接等到运行计算的节点上，使用Top命令，若cpu有使用，并且显示项为VASP，则说明计算仍在进行。。。

即使计算停止，cpu可能还不会显示为0（由于其他一些系统文件运行，不过占用量十分小），主要就看后面的运行项是不是vasp。。。
hakuna

引用回帖:
Originally posted by channe at 2008-11-8 12:11:
多谢指教，top查看这后发现我的用户名对应的time显示的是0：00，是不是意味着我的计算就停止了，可为什么上面的cpu显示为%0.3，这是什么意思，如果还占用cpu的话，那不是还在计算吗，不懂耶

你看VASP进程的时间，如果不变，那就僵尸了......
你再VI一下输出文件，看有没有变化...
如果没变化就kill掉，重新提交作业，如果仍是这样，考虑如下两个问题。
系统进程也要占用CPU
---------------
1.如果系统不稳定，可能硬件有问题，多处在内存上，尤其多根内存时
2.如硬件没问题，查是否VASP编译优化过度了
channe

我不知道你说的“直接等到运行计算的节点上，使用Top命令”是怎么用的，我是在任一路径下直接使用top命令，得到的结果我拷了部分放在下面，可否就这个例子说明下，给我科普下吧，呵呵

  PID USER    PRI  NI  SIZE  RSS SHARE STAT %CPU %MEM TIME CPU COMMAND
13 root    15 0    0 0    0 SW 0.7  0.0 240:22 1 kscand/Normal
18635 root    15 0    0 0    0 SW 0.3  0.0  28:55 2 nfsd
18636 root    15 0    0 0    0 SW 0.3  0.0  27:45 0 nfsd
23022 root    0 -20 784  572 440 S < 0.1  0.0  30:47 2 lim
7446 gaoqiang  15 0  1944 1884  1560 S    0.1  0.0 0:00 0 sshd
7626 gaoqiang  15 0  1076 1076 792 R    0.1  0.0 0:00 3 top
1 root    15 0 104 80 56 S    0.0  0.0 1:40 1 init
2 root    RT 0    0 0    0 SW 0.0  0.0 0:00 0 migration/0
3 root    RT 0    0 0    0 SW 0.0  0.0 0:00 1 migration/1
4 root    RT 0    0 0    0 SW 0.0  0.0 0:00 2 migration/2
5 root    RT 0    0 0    0 SW 0.0  0.0 0:00 3 migration/3
6 root    15 0    0 0    0 SW 0.0  0.0 0:22 0 keventd
7 root    34  19    0 0    0 SWN 0.0  0.0 0:27 0 ksoftirqd_CPU0
8 root    34  19    0 0    0 SWN 0.0  0.0 0:02 1 ksoftirqd_CPU1
9 root    34  19    0 0    0 SWN 0.0  0.0 0:01 2 ksoftirqd_CPU2
10 root    34  19    0 0    0 SWN 0.0  0.0 0:02 3 ksoftirqd_CPU3
15 root    15 0    0 0    0 SW 0.0  0.0 0:04 1 bdflush
11 root    15 0    0 0    0 SW 0.0  0.0 103:53 2 kswapd
12 root    15 0    0 0    0 SW 0.0  0.0 0:34 3 kscand/DMA
14 root    16 0    0 0    0 SW 0.0  0.0 340:19 0 kscand/HighMem
16 root    15 0    0 0    0 SW 0.0  0.0 1:34 2 kupdated
17 root    24 0    0 0    0 SW 0.0  0.0 0:00 0 mdrecoveryd
26 root    15 0    0 0    0 SW 0.0  0.0 3:46 2 kjournald
84 root    25 0    0 0    0 SW 0.0  0.0 0:00 1 khubd
  701 root    15 0    0 0    0 SW 0.0  0.0 4:33 1 kjournald
  704 root    15 0    0 0    0 SW 0.0  0.0  16:07 3 kjournald
1585 root    15 0 308  304 232 S    0.0  0.0 0:20 0 syslogd
1589 root    15 0 52 4    0 S    0.0  0.0 0:00 2 klogd
1626 rpcuser 15 0 80 0    0 SW 0.0  0.0 0:00 3 rpc.statd
1687 root    15 0    0 0    0 SW 0.0  0.0  14:15 1 rpciod
1688 root    24 0    0 0    0 SW 0.0  0.0 0:00 2 lockd
1730 root    25 0，
channe

多谢hakuna的指导，说的很清楚了，我现在想问的是你说的优化过度指的是什么，如果出现这种情况我要怎么改呢，这个是INCAR的设置问题吗