CE和HPLC相比, 其相同处在于都是高效分离技术, 操作均可自动化, 且有多种不同分离模式。差异在于：
（1）CE用迁移时间取代HPLC中的保留时间, CE的分析时间通常不超过30min, 比HPLC速度快；其他分离存在两相，电泳是均相。
（2）对CE而言,理论塔板高度和溶质的扩散系数成正比, 对扩散系数小的生物大分子而言, 其柱效高。
（3）CE所需样品为nl级, 最低可达270 fl, 流动相用量也只需几毫升, 而HPLC所需样品为μl级, 流动相则需几百毫升乃至更多；但CE仅能实现微量制备, 而HPLC可作常量制备。

1988年,美国出第一台毛细管电泳仪HPE-100型,随着高灵敏度检测器的发展,CE开始突飞猛进地发展。电色谱将LC的固定相引入CE中,扩大了电泳的应用范围。初期CE定位于和HPLC竞争,但是HPLC领先了23年,每年几十亿的销售额。小分子的分析检测上,CE不稳定,没系统培训的工作者难以建立方法,让人敬而远之。
Varian,Perkin-Elmer,Bio-rad,Waters,Applied biosystems,Thermo quest,        Dionex
先后放弃CE的研发。只有Beckman,        Agilent成为单管CE生产商,未来以芯片和少量CE阵列电泳仪为主，

补充一点，毛细管电泳可以对样品进行在线富集，液相色谱比较难做到这一点。
这一优势在目前的资料中都无从提及，但是的确是CE的重要优势之一。

但是毛细管有个致命的缺点就是：重现性差
HPLC的明显缺点是：很耗材，比如甲醇，滤膜等；相对来说分析时间长；但是重现性很好的；这个和毛细管是相补充的。

毛细管柱效高，成本低，操作较为简便，分离能力较弱，对PH值要求较高。两者都可定性定量，精密度高。