首先你的明确NDVI的定义。如果是NDVI的话，取值范围只能是（-1，1），不在这个值域的，都不能叫做NDVI。
如果你确定你的图层是NDVI，但是像元值不属于（-1，1），那么你需要进行处理，把值转换为-1，1的范围，处理方法就用线性变换就可以了。也就是把L1从-50，50拉伸到-1，1；把L2从0，1000拉伸到-1，1。
然后对处理好的图层进行计算。

还是有点乱

L1取值为50时，并不能保证植被覆盖度是100%，对吧？

做个假设，如果
L1取值为50时，植被覆盖度是80%，做归一化后NDVI值为1

L2取值为1000时，植被覆盖度是40%，做归一化后NDVI值也为1

如果单从植被覆盖率的角度考虑，那么平均植被覆盖率应该是(80%+40%)/2=60%

但是从归一化后的NDVI值考虑，平均值应是(1+1)/2=1

这个60%和平均后的NDVI值1，之间如何对应呢？

另外，刚刚又想到一个问题

如果2000年和2007年的两景NDVI数据，其像元值均未标准化

同样的数据

如果2000年NDVI值为[-50，50]
2007年NDVI值为[0，1000]

我知道单纯的比较50和1000的大小毫无意义，但是，我怎么才么知道A地区2007年植被覆盖度是否会比2000年有所增加呢？

如果都经过标准化即50-->1，而1000-->1，那也就更没法比较了？

不好意思，我有点看不懂你的问题。
我个人认为，你对NDVI的定义还是不太了解。NDVI是一种波段计算的方式，利用近红外波段和红波段，通过归一化以后求比值。具体说来：NDVI=(NIR-Red)/(NIR+Red)，其中NIR为近红外波段，Red为红波段。通过这样计算的值，只会落在（-1，1）之间。像元值越接近1，一般来说表明该像元有较好的植被生长。
你的数据处在[-50，50]和[0，1000]，这不是NDVI，可能是拉伸过的NDVI值，必须要还原成标准的NDVI，才可以比较。
同时，如果要用NDVI值进行植被分布比较，最好不要直接相减或相加。由于遥感图像获取的季节不同，NDVI会有较大变化。比较好的方式是对每个年份对照原始影像进行采样，对采样值分析，找到阈值，用这个阈值来区分植被和非植被，然后再对比植被分布。
以上为我个人的看法，可能不对或者不完全，仅供参考。建议搜一下相关的文献，会有很多启发的，

帮顶！
楼主是不是再找一下数据的出处，按照NDVI的原理重新计算NDVI值？