好像国内有个杂志可以投，但就是想尝试下发国外的

这个很多，如phytochemistry,JNP,CPB,JPBA,
如果你的化合物结构极为新颖，又有好的活性，你可以投Tetrahedron 印象中他的IF有4.0

中国天然产物，目前也被elsiver 部分收录，也可以算SCi的吧
日本的Chemical & Pharmaceutical Bulletin
phytochemistry
Journal of Natural Products

可以投稿到分析化学、色谱A、也可以到民族药物学

新化合物最好投到国外去，推荐Phytochemistry,  Pitoterapia（可以以short report的形式投出去）,  Journal of  Asia Natural Product Research,  Journal of Natural Products,  Planta Medica(IF 1.4) Tetrahedron(IF2.3), 四面体对化合物的新颖性要求要高，如三楼所说．

新化的话当然要投到国外的SCI杂志了，而且没有版面费。
天然药化的SCI期刊
1. Journal of Asian Natural Product Research, 中国医学科学院药物研究所主办 0.828
2. Planta Medica 1.746
3. Journal of Natural Product 2.418
4. Chemical & Pharmaceutical Bulletin 1.262
5. Chemistry of Natural Compounds 0.393
6. Journal of American Chemical Society 1.396
7. Sterol
8 Chinese Chemical Letters 0.266
9 chimica acta helvtica
10.heterocycle 1.077
11.pharmazia 0.5
12.antibiotic 1.0
13.Fitoterapia 0.908，好象是意大利的杂志。不一定都是新化合物，有活性的混合物也可以发。
14.Biochemical Systematics & Ecology，0.7左右，旧化合物也可以发，只要在化学分类方面有独到之处
15.Journal of Organic Chemistry,3.79
16.Chemical communication, 4.521
17HCA,
18.CHEM PHARM BULL 1.262
19.FITOTERAPIA 0.908
20.AM J CHINESE MED o.71
21.J NAT PROD 2.418
22 .NAT PROD REP 8.889
23.NAT PROD RES 0.798
24.PHYTOCHEMISTRY 2.417
25.PLANTA 2.963
26.J CHROMATOGR A 3.554
27..J CHROMATOGR B 2.647
28.J ASIAN NAT PROD RES 0.828
29.tetrahedron 2.817
30.tetrahedron letters 基本上要求是新骨架 2.509
31.Bioorg. Med. Chem 要求有生物活性 2.049
32.lipids 主要刊登脂肪族化合物 1.935
33.Hel. Chim. Acta 一般两个新化合物就可以,周期也比较短. 1.55
34.organic letters 要是新骨架的话很容易中. 4.659
35.Chemistry & Biodivers 新出的一本杂志,比较容易中,现在影响因子也超过1了 1.61

这个影响因子仅供参考，