恩～算来从学习MD到现在已经有将近３年了，Amber, Gromacs, NAMD这三个软件也用了不少！有一些小小的感受吧，随便说说～

只针对大分子蛋白质的模拟，纯分子力学，来讲：
Amber最好学，最容易上手，但是计算速度实在是不敢恭维，如果没有超级计算机或者计算集群的话！但是其分析工具用起来比较爽，一般所要想得到的信息基本上都能搞定拿到，稍微会一些Perl语言会比较有版主，特别是在使用MM_PBSA的时候！但是其方法延伸有些少，我是指比如SMD，TMD之类的东东。对了，还有就是力场单一，只有amber力场，虽然其对小分子的参数化坐的比较容易，也只是在操作上容易而已了！

Gromacs，速度快，力场多，分析系统模块化，用起来很爽，操作稍微复杂些，但是用熟了之后，觉得还行！群概念的引入着实不错，很实用。不足的就是对MD延伸方法的支持较少，用深了之后，觉得总是让人有些遗憾，好多功能不好实现！

我是先学的前两个，各发了一篇小文章，IF都不到4.0！然后学的NAMD～～

NAMD，它的出现让我心情为之一振！好东西啊，当他和VMD连用的时候，加上TCL和PERL语言，简直几乎可以无所不能了！但是，我却不推荐刚入门的朋友用这个东东，原因只有一点：分析工具较为缺乏。需要自己写scripts，有些痛苦！如果做的多了，深了，外加哥们有点编程基础，NAMD自然是最好的选择，它让一切皆有可能！

个人浅见：着急入门，着急发文章毕业的，比如本科毕业生，用Amber；有点时间，想了解一点MD较深层东西的，比如硕士生，用GROMACS；想发好文章，时间充足，确实做出点有用的，有难度的东西出来，比如博士生，没话讲：NAMD。

原文是一科大校友发表在分子模拟论坛：http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=1204
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