| 查看: 2769 | 回复: 5 | ||
[求助]
两个结构类似的分子做柔性势能面扫描，结果差别很大，可否帮忙看下怎么回事？ 已有1人参与
|
|
两个类似的分子，固定开环两个碳原子之间的距离，用关键词opt=modredundant，做开环反应的柔性势能面扫描，结果差别很大，可否帮忙看下怎么回事？ 第一个分子能够从闭合状态顺利地优化到开环状态，高斯view打开看中间结构，中间文件过渡态一切正常，如下： 势能面扫描结果 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604036712_548.png 起始闭环结构 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604036788_386.png 曲线最高点-过渡态结构 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604036826_228.png 最终闭环结构 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604036854_507.png 第二个分子能够从闭合状态顺利地优化到过渡态，从过渡态最高点之后，所有结构均发生扭曲变形，导致扫描不能进行到开环状态，详细结果如下： 势能面扫描结果 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604037000_277.png 起始闭环结构 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604037084_623.png 曲线最高点--过渡态正常结构 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604037128_409.png 过渡态之后--扭曲变形结构 这是第二个分子热不稳定吗？还是计算方法出了问题？ 两个分子的开环状态和闭环状态都是稳定的，我已经得到稳定结构构型，为啥势能面扫描会出这样的问题呢？ 接下来我该如何寻找分子2的过渡态呢？opt=ts已经试过了，不太行，不得已做的势能面扫描，我该如何改进势能面扫描呢？  势能面扫描曲线.png  分子1起始闭环结构.png  分子1中间过渡态结构.png  分子1结束闭环结构.png  分子2势能面扫描曲线.png  分子2起始闭环结构.png  分子2中间曲线最高点过渡态结构.png  分子2过渡态之后的扭曲变形结构.png |
回复此楼» 猜你喜欢
请问四氢呋喃溶解的聚合物用甲醇沉淀时，如何使沉淀过程加速？
已经有2人回复
-
七嗪类物质合成求助
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有189人回复
-
Chemical Bonding at Surfaces and Interfaces,最经典的一本表面上化学相互作用教材
已经有0人回复
-
诚邀有志之士加入江苏大学环境学院合成生物学课题组！(长期接收学硕专硕、硕博连读)
已经有16人回复
-
一志愿南大理论与计算化学方向（070300）342分，求调剂
已经有1人回复
-
欢迎化学、化工、物理、材料、或计算机背景的考研咨询
已经有0人回复
-
招生材料与化工、环境科学调剂研究生
已经有5人回复
-
河南理工大学化工学院招收调剂生啦！
已经有1人回复
-
招收博士一名-宁波大学
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
paramecium86
版主 (著名写手)
- QC强帖: 5
- 应助: 588 (博士)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 26740.6
- 红花: 349
- 帖子: 2026
- 在线: 1455.8小时
- 虫号: 2466443
- 注册: 2013-05-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
2楼2020-10-30 15:12:38
3楼2020-10-30 15:32:29
4楼2020-10-30 15:40:51
|
附件文件刚上传失败了，再传一次 |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 01_NH_ts.log
- 附件 2 : 02_CH2_ts.log
2020-10-30 15:42:32, 2.56 M
2020-10-30 15:43:44, 3.3 M
5楼2020-10-30 15:44:07
paramecium86
版主 (著名写手)
- QC强帖: 5
- 应助: 588 (博士)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 26740.6
- 红花: 349
- 帖子: 2026
- 在线: 1455.8小时
- 虫号: 2466443
- 注册: 2013-05-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
6楼2020-11-01 17:12:34