| 查看: 3057 | 回复: 5 | ||
[求助]
两个结构类似的分子做柔性势能面扫描，结果差别很大，可否帮忙看下怎么回事？ 已有1人参与
|
|
两个类似的分子，固定开环两个碳原子之间的距离，用关键词opt=modredundant，做开环反应的柔性势能面扫描，结果差别很大，可否帮忙看下怎么回事？ 第一个分子能够从闭合状态顺利地优化到开环状态，高斯view打开看中间结构，中间文件过渡态一切正常，如下： 势能面扫描结果 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604036712_548.png 起始闭环结构 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604036788_386.png 曲线最高点-过渡态结构 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604036826_228.png 最终闭环结构 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604036854_507.png 第二个分子能够从闭合状态顺利地优化到过渡态，从过渡态最高点之后，所有结构均发生扭曲变形，导致扫描不能进行到开环状态，详细结果如下： 势能面扫描结果 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604037000_277.png 起始闭环结构 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604037084_623.png 曲线最高点--过渡态正常结构 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604037128_409.png 过渡态之后--扭曲变形结构 这是第二个分子热不稳定吗？还是计算方法出了问题？ 两个分子的开环状态和闭环状态都是稳定的，我已经得到稳定结构构型，为啥势能面扫描会出这样的问题呢？ 接下来我该如何寻找分子2的过渡态呢？opt=ts已经试过了，不太行，不得已做的势能面扫描，我该如何改进势能面扫描呢？  势能面扫描曲线.png  分子1起始闭环结构.png  分子1中间过渡态结构.png  分子1结束闭环结构.png  分子2势能面扫描曲线.png  分子2起始闭环结构.png  分子2中间曲线最高点过渡态结构.png  分子2过渡态之后的扭曲变形结构.png |
回复此楼» 猜你喜欢
需要一个圆偏振光诱导化学反应，请问使用圆偏振光作为光源，应该需要哪些设备搭建
已经有0人回复
-
半透性容器进行高湿或者低湿研究
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有59人回复
-
求ENDNOTE破解软件安装包
已经有7人回复
-
河海大学 （211.双一流高校）钙钛矿光电实验室丁勇团队欢迎有志青年！
已经有3人回复
-
黑龙江省原子能研究院化学课题组招收2026级化学专业或化学相关专业硕士生
已经有0人回复
-
26博士申请
已经有0人回复
-
求助：三乙酰丙酮铁（Fe(acac)₃）标准红外(IR)与XRD谱图/数据
已经有1人回复
-
微纳hub，微纳加工的宝库
已经有0人回复
-
微纳加工里的 lift-off 工艺
已经有0人回复
-
【接测试】TPD-TPR、TPO、脉冲吸附、原位红外，电化学原位红外，站内联系
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
paramecium86
版主 (著名写手)
- QC强帖: 5
- 应助: 588 (博士)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 26762.8
- 红花: 349
- 帖子: 2031
- 在线: 1464.9小时
- 虫号: 2466443
- 注册: 2013-05-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
2楼2020-10-30 15:12:38
3楼2020-10-30 15:32:29
4楼2020-10-30 15:40:51
|
附件文件刚上传失败了，再传一次 |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 01_NH_ts.log
- 附件 2 : 02_CH2_ts.log
2020-10-30 15:42:32, 2.56 M
2020-10-30 15:43:44, 3.3 M
5楼2020-10-30 15:44:07
paramecium86
版主 (著名写手)
- QC强帖: 5
- 应助: 588 (博士)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 26762.8
- 红花: 349
- 帖子: 2031
- 在线: 1464.9小时
- 虫号: 2466443
- 注册: 2013-05-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
6楼2020-11-01 17:12:34
