24小时热门版块排行榜    

查看: 2514  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

sealanlan

铁虫 (正式写手)

[求助] 两个结构类似的分子做柔性势能面扫描,结果差别很大,可否帮忙看下怎么回事? 已有1人参与

两个类似的分子,固定开环两个碳原子之间的距离,用关键词opt=modredundant,做开环反应的柔性势能面扫描,结果差别很大,可否帮忙看下怎么回事?

第一个分子能够从闭合状态顺利地优化到开环状态,高斯view打开看中间结构,中间文件过渡态一切正常,如下:
势能面扫描结果
https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604036712_548.png
起始闭环结构
https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604036788_386.png
曲线最高点-过渡态结构
https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604036826_228.png
最终闭环结构
https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604036854_507.png

第二个分子能够从闭合状态顺利地优化到过渡态,从过渡态最高点之后,所有结构均发生扭曲变形,导致扫描不能进行到开环状态,详细结果如下:
势能面扫描结果
https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604037000_277.png
起始闭环结构
https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604037084_623.png
曲线最高点--过渡态正常结构
https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604037128_409.png
过渡态之后--扭曲变形结构


这是第二个分子热不稳定吗?还是计算方法出了问题?

两个分子的开环状态和闭环状态都是稳定的,我已经得到稳定结构构型,为啥势能面扫描会出这样的问题呢?
接下来我该如何寻找分子2的过渡态呢?opt=ts已经试过了,不太行,不得已做的势能面扫描,我该如何改进势能面扫描呢?

两个结构类似的分子做柔性势能面扫描,结果差别很大,可否帮忙看下怎么回事?
势能面扫描曲线.png


两个结构类似的分子做柔性势能面扫描,结果差别很大,可否帮忙看下怎么回事?-1
分子1起始闭环结构.png


两个结构类似的分子做柔性势能面扫描,结果差别很大,可否帮忙看下怎么回事?-2
分子1中间过渡态结构.png


两个结构类似的分子做柔性势能面扫描,结果差别很大,可否帮忙看下怎么回事?-3
分子1结束闭环结构.png


两个结构类似的分子做柔性势能面扫描,结果差别很大,可否帮忙看下怎么回事?-4
分子2势能面扫描曲线.png


两个结构类似的分子做柔性势能面扫描,结果差别很大,可否帮忙看下怎么回事?-5
分子2起始闭环结构.png


两个结构类似的分子做柔性势能面扫描,结果差别很大,可否帮忙看下怎么回事?-6
分子2中间曲线最高点过渡态结构.png


两个结构类似的分子做柔性势能面扫描,结果差别很大,可否帮忙看下怎么回事?-7
分子2过渡态之后的扭曲变形结构.png
回复此楼
努力
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paramecium86

版主 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by sealanlan at 2020-10-30 02:44:07
附件文件刚上传失败了,再传一次...

那看起来顶点的地方不是 过渡态的那种顶点,而是结构有很大变化时候出现能能量突跃。
6楼2020-11-01 17:12:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sealanlan: 金币+15, ★★★很有帮助, 非常感谢,我试试看 2020-10-30 15:31:54
这个扫描是沿着两个原子间距离还进行的。而开环 往往不单纯是就是严格沿着两个原子之间的距离来进行开环的。单一一个内坐标变量的扫描不能完全重现开环过程。但是既然扫描已经出现顶点,是潜在的可能的过渡态结构。不妨就把两个过渡态都优化出来, 跑IRC曲线。如果过渡态结构优化正确。IRC曲线应该就能更好的体现开环的过程了。
2楼2020-10-30 15:12:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sealanlan

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-10-30 15:12:38
这个扫描是沿着两个原子间距离还进行的。而开环 往往不单纯是就是严格沿着两个原子之间的距离来进行开环的。单一一个内坐标变量的扫描不能完全重现开环过程。但是既然扫描已经出现顶点,是潜在的可能的过渡态结构。 ...

扫描是沿着两个C-C原子间距离进行的
努力
3楼2020-10-30 15:32:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sealanlan

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-10-30 15:12:38
这个扫描是沿着两个原子间距离还进行的。而开环 往往不单纯是就是严格沿着两个原子之间的距离来进行开环的。单一一个内坐标变量的扫描不能完全重现开环过程。但是既然扫描已经出现顶点,是潜在的可能的过渡态结构。 ...

现在还有个问题就是opt=TS,优化不出来过渡态,
附件里分别是opt=TS优化的分子1和分子2的log文件,目前为止优化好多天了,一直没有结果
努力
4楼2020-10-30 15:40:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 301求调剂 +4 Liyouyumairs 2026-03-11 4/200 2026-03-11 19:35 by peike
[考研] 一志愿江南大学085701环境工程专硕总分287求调剂 +5 18266118446 2026-03-09 5/250 2026-03-11 16:51 by 2020015
[考研] 290求调剂 +3 柯淮然 2026-03-10 8/400 2026-03-11 13:48 by 柯淮然
[考研] 材料工程307,求调剂 +7 我要燃烧你的梦 2026-03-08 7/350 2026-03-11 09:09 by 剑诗杜康
[考研] 312求调剂 +5 陌宸希 2026-03-10 5/250 2026-03-11 07:18 by macy2011
[考研] 哈工大材料324求调剂 +6 闫旭东 2026-03-10 8/400 2026-03-10 22:49 by 星空星月
[考研] 327求调剂 +3 Ffff03 2026-03-10 3/150 2026-03-10 22:30 by macy2011
[考研] 332材料求调剂 +6 zjy101327 2026-03-05 8/400 2026-03-10 17:55 by zjy101327
[考研] 物理学求调剂 +4 sx宋 2026-03-05 4/200 2026-03-10 11:11 by changlu999
[硕博家园] 2026级硕士研究生招生/调剂 +3 知足常乐的乐 2026-03-06 5/250 2026-03-09 20:56 by 木瓜膏
[考研] 一志愿山东大学,总分327,英语二79,有论文,有竞赛,已过四六级 +3 木木目目1 2026-03-09 3/150 2026-03-09 19:52 by yuningshan
[考研] 0856求调剂 +3 squirtle11 2026-03-07 3/150 2026-03-09 09:54 by @飒飒飒飒
[考博] 26年博士申请 +4 科研狗111 2026-03-07 4/200 2026-03-08 21:56 by 0611517sll
[考研] 求调剂,一志愿华中科大0702,数一英一,293 +4 小罗露一二 2026-03-07 4/200 2026-03-08 16:36 by 星空星月
[考研] 0817化学工程与技术312分求调剂 +7 T123 tt 2026-03-04 7/350 2026-03-08 11:18 by 我的船我的海
[考研] 一志愿郑大071000分数282求调剂 +3 研研颜 2026-03-05 7/350 2026-03-07 22:33 by 帆船哥
[考研] 308求调剂 +7 倘若起风了呢 2026-03-05 9/450 2026-03-06 22:59 by 倘若起风了呢
[考研] 275求调剂 +4 大爆炸难民 2026-03-06 5/250 2026-03-06 09:21 by guoweigw
[考研] 334求调剂 +6 Trying] 2026-03-05 8/400 2026-03-06 00:16 by wutongshun
[考研] 085602 293分求调剂 +3 SivanNano. 2026-03-05 3/150 2026-03-05 19:41 by caszguilin
信息提示
请填处理意见