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两个结构类似的分子做柔性势能面扫描，结果差别很大，可否帮忙看下怎么回事？ 已有1人参与
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两个类似的分子，固定开环两个碳原子之间的距离，用关键词opt=modredundant，做开环反应的柔性势能面扫描，结果差别很大，可否帮忙看下怎么回事？ 第一个分子能够从闭合状态顺利地优化到开环状态，高斯view打开看中间结构，中间文件过渡态一切正常，如下： 势能面扫描结果 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604036712_548.png 起始闭环结构 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604036788_386.png 曲线最高点-过渡态结构 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604036826_228.png 最终闭环结构 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604036854_507.png 第二个分子能够从闭合状态顺利地优化到过渡态，从过渡态最高点之后，所有结构均发生扭曲变形，导致扫描不能进行到开环状态，详细结果如下： 势能面扫描结果 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604037000_277.png 起始闭环结构 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604037084_623.png 曲线最高点--过渡态正常结构 https://muchongimg.xmcimg.com/os ... _1604037128_409.png 过渡态之后--扭曲变形结构 这是第二个分子热不稳定吗？还是计算方法出了问题？ 两个分子的开环状态和闭环状态都是稳定的，我已经得到稳定结构构型，为啥势能面扫描会出这样的问题呢？ 接下来我该如何寻找分子2的过渡态呢？opt=ts已经试过了，不太行，不得已做的势能面扫描，我该如何改进势能面扫描呢？  势能面扫描曲线.png  分子1起始闭环结构.png  分子1中间过渡态结构.png  分子1结束闭环结构.png  分子2势能面扫描曲线.png  分子2起始闭环结构.png  分子2中间曲线最高点过渡态结构.png  分子2过渡态之后的扭曲变形结构.png |
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4楼2020-10-30 15:40:51
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5楼2020-10-30 15:44:07