既然有两种可能构型，一般都是以这两种构型为初始构型，分别进行构型优化，优化后，看最终的构型相同还是不相同，如果不相同，那么再比较优化后OUT文件中的能量。
如果要进行零点能修正，则在构型优化后进行频率计算freq，那么OUT文件中就直接有零点能以及修正后能量的结果。
建议在计算时，仔细看看Gaussian03手册中关于OPT以及Freq频率计算的相关内容。里面涉及你需要的东西。

楼上正解

比较分子稳定性、

加个频率计算

然后用HOMO-LUMO的能量差来比较吧

优化和单点计算都能给出能量。优化对基组和方法的依赖性不是很大，一般用较小基组就可以了，但是能量则不同，往往需要加大基组，比如增加极化函数，弥散函数。所以LZ的情况，可以直接比较优化后的能量（如果可以分清楚的话）也可以在优化的基础上进行更大基组的单点计算已获得更为准确的能量值
零点能矫正同楼上
频率计算是为了检测找到的结构是否为局域极小点，结构是否稳定
HOMO-LUMO gap 一般只表示分子的化学稳定性，热力学稳定性可以计算其键能

首先谢谢三位的回复.
那就是说光是构型优化计算里也能给出相对可靠的分子能量值,而如果想得到更为准确的数值的话就要在构型优化的基础上进行SP运算,同样在SCF Done后面得到所要的能量值.如果要进行零点能修正的话,在构型优化的基础上用同样的方法和基组再进行频率分析计算,得到修正零点能后的分子总能量.
是这样子吗.

对了,各个能量的单位都是Hartree吧.

各个能量的单位都是Hartree。
构型优化能否给出相对可靠的分子能量还要看你采用的方法以及基组的大小等因素。进行频率分析后会得到一些和热力学相关的东西，下面是个具体的例子，看完之后你就能很清楚了。
在分子的热力学计算中,包括了零点能的输出,零点能是对分子的电子能量的矫正,计算了在0K温度下的分子振动能量.但我们计算的热力学数据并不总是在OK时,为了计算在较高温度下的能量,内能也要考虑到总能量中,它包括平动能,转动能,和振动能.注意在计算内能的时候,已经考虑了零点能.下面是一个计算实例
  Temperature 298.15 Kelvin. Pressure 1.0000 Atm.
  Zero-point correction= 0.029201
  Thermal correction to Energy= 0.032054
  Thermal correction to Enthalpy= 0.032999
  Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.008244
  Sum of electronic and zero-point Energies= -113.837130
  Sum of electronic and thermal Energies= -113.834277
  Sum of electronic and thermal Enthalpies= -113.833333
  Sum of electronic and thermal Free Energies= -113.858087
  后面四行的四个能量分别为E0, E, H, G. 计算为
  E0=E(elec) + ZPE
  E=E0 + E(vib) + E(rol) + E(transl)
  H=E + RT
  G=H - TS
   上例是在298.15K和1.0Atm下计算的热力学状态函数,EO即我们的分子体系总能量,而在求298.15K下的内能E时,要加上平动能,转动能,和振动能,由统计热力学知,这三项处于激发能级,注意这里的ZPE实际上就是对应E(vib)在OK时的能量,但现在并非0K,有关能量随温度变化公式可参考统计热力著作,最后得到的Ｅ就是平常所指的内能U，这正是统计热力学中对内能的定义，

还请LZ注意HF方法可能存在定性不正确的可能，所以可以采用一些高级方法，比如MP

各位虫虫辛苦了，我真是受益匪浅呀