[求助]关于gaussian计算中内存和cpu的使用
实验室现在刚配了一台用于Gaussian计算的电脑,基本参数如下:
cpu: Xeon E5335(2颗)
内存: 4G
硬盘: SAS 146G
请教高手
(1)在Gaussian的输入文件中,对cpu的使用该如何写?因为一共有8个核心,是不是 "%nproc=2"就可以了
(2)如何分配内存才可以得到比较好的性能?
万分感谢!!!
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实验室现在刚配了一台用于Gaussian计算的电脑,基本参数如下:
cpu: Xeon E5335(2颗)
内存: 4G
硬盘: SAS 146G
请教高手
(1)在Gaussian的输入文件中,对cpu的使用该如何写?因为一共有8个核心,是不是 "%nproc=2"就可以了
(2)如何分配内存才可以得到比较好的性能?
万分感谢!!!
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是,gaussian八核并行效率还可以,4+4也许更合适
内存不够大
再次请教:
"%nproc=2"就可以了吗?
要八核并行的话是不是还要用并行的程序?
内存不够的话,加到多少比较合适?
多谢!
p.s:请问各高手现在都是用什么linux系统的?
我现在用的是red hat AS4.
应该是%nprocl=8
lz是共享内存的,不用linda
个人觉得red hat有点老了,很多软件不太方便
debian是比较合适的选择,我知道学术界非常多的人采用这个系统
如果debian不太好用的话
可以先用ubuntu适应一下,ubuntu安装软件特别方便,而且特别多的源供你在线安装。
你的服务器使用了两个四核心的处理器,一共八个核心,每个核心对Gaussian来说就相当于一个CPU,所以你的电脑在设置时应该按如下方式使用:
1、如果你用的Gaussian版本较老,你只能使用linda才能让所有CPU同时并行,在输入文件的最上面添加
%nprocs=4
%lindaworker=name:2
name指的是你的服务器的在host中的名字,如果没有,你可以用超级用户编辑/etc/hosts,在最下面添加你的服务器的IP地址,空上一两个格,再写上主机名,这个主机名就是那个name,大致格式如下:
192.168.1.111 com (com就是那个name)
2、你可以在本版搜索一个叫Gaussian 03 d02的资源帖,那个版本的软件破除了商业版本四个CPU限制,而且速度较商业版本快了60-70%,如果使用这个版本,你可以直接在输入文件的最上面添加:
%nprocs=8
内存设置, 比较复杂,
如果是hf,DFT等的优化计算,建议设为
%mem=200mw
频率计算要把内存设的小一点,你得电脑大概设成
%mem=50mw,
这样不会出现有几个CPU不干活或者光读硬盘CPU空闲的问题
MP2及更高级的计算,应该把内存设的大一些,可以提高效率
比如设为%mem=400mw
内存多大才能适合你的体系和方法,还要自己多摸索
[ Last edited by hairan on 2008-1-10 at 21:39 ]
,
非常谢谢大家的帮助!
特别是多谢shalene,hairan,sandycug几位高手!
希望以后可以多多赐教.