晶体结构解析中有关氢原子处理的问题
1 加氢有几种方法?英文规范的表述方式?
2 能从CIF文件中读出(或者猜出)加氢的方式吗?
3 氢原子是否参与精修?能从CIF上看出来吗?
3 请介绍一下解析晶体结构时涉及的参考文献.如:
SHELXTL (Sheldrick, 1997b [Sheldrick, G. M. (1997b).
Sheldrick, G M. SHELXTL-93, Program for the Refinement of Crystal Structures, University of Gttingen, 1993 .
有关晶体结构解析中氢原子处理的一切东西,我都感兴趣.
回帖请尽量详细!
重金酬谢!
长期有效,先取58金币,若不够请斑竹继续从我的跟贴里面扣除.
返回小木虫查看更多
今日热帖
京公网安备 11010802022153号
最新的是丹麦哥本哈根大学的Sine Larsen教授提出的“熵”办法。
内容呢，主要是借助中子衍射的结果，来推理氢的位置。
他们竟然通过推算Ribitol和Xylitol两种戊糖的氢位置，计算了熵，解释了它们熔点差的原因。
当然，活儿主要是Anders Madsen博士干的。
文章么，也算顶级的Angew Chem Int Ed了。
时间呢，上个月5号。
怎么样，够新的吧。
DOI: 10.1002/anie.200702423
请各位大虾出来吧.
谢谢了.
1 加氢有几种方法?英文规范的表述方式?
加H一般包括两种方法，一种是从差值傅立叶图中定位，二是理论加氢。
一般是先理论加，加不上或者位置不合适才用找Q峰的方法，也即傅立叶加氢。
The default treatment is to calculate idealized positions for the hydrogen atoms and
constrain them so they are at a set X-H distance.
精修中
H 原子被当作riding atoms because they ride with the atom they are attached to.
The default is to fix the hydrogen adp to some multiple of the ridden atom’s adp
2 能从CIF文件中读出(或者猜出)加氢的方式吗?
可以
_atom_sites_solution_hydrogens
_refine_ls_hydrogen_treatment
前面一个介绍获得H原子的方案，一般是geom；后面介绍精修中H原子的处理方案，一般是constr。
从ins中可以加入限制精修的命令 HFIX mn [U] [d] atom name(s)
Where mn is the code (see next)
U is the adp to use (usually not entered)
d is the bond distance (usually not entered)
Atom names are the atoms to be ridden
HFIX cards create AFIX cards in future cycles
For everything but methyl and OH groups the value of n is 3 (ride with fixed distance)
For SP3 carbon with 1 hydrogen mn=13
For SP3 carbon with 2 hydrogens mn=23
For SP2 atom with 1 hydrogen mn=43
For SP2 atom with 2 hydrogen mn=93
For SP carbon mn=163
具体参看 http://15151.5d6d.com/thread-682-1-1.html
3 氢原子是否参与精修?
精修中
H 原子被当作riding atoms because they ride with the atom they are attached to.
The default is to fix the hydrogen adp to some multiple of the ridden atom’s adp
能从CIF上看出来吗?这个问题参看2。
4 请介绍一下解析晶体结构时涉及的参考文献.如:
SHELXTL (Sheldrick, 1997b [Sheldrick, G. M. (1997b).
Sheldrick, G M. SHELXTL-93, Program for the Refinement of Crystal Structures,
University of Gttingen, 1993 .
一个学习的好地方就是shelx的主页
http://shelx.uni-ac.gwdg.de/index.html
另外最近论坛里出来一本好书，就是Crystal structure refinement，peter muller主编的，你可以搜一下小木虫或晶体解析网站http://15151.5d6d.com，
几何加氢和Q峰加氢都必须参与精修吗?
HFIX 13 Idealized tertiary C—H group
HFIX 23 Idealized secondary CH2 group
HFIX 33 Idealized CH3 group with tetrahedral angles, This requires the atom that carries the methyl group to be of tetrahedral geometry.
HFIX 43 Aromatic C—H or amide N—H group
HFIX 93 Idealized terminal X=CH2 or X=NH2 group,
HFIX 123 Idealized disordered CH3 group.
HFIX 137 Idealized CH3 group with tetrahedral angles.
HFIX 147(83) Idealized OH group with tetrahedral X-O-H
HFIX 163 Acetylenic C-H with X-C-H linear,
如果你的样品做过中子衍射的话，那么H原子的位置就能定的很准确了，因为中子是同原子核的相互作用，这也是中子散射同X射线衍射的重要区别之处，
X射线衍射中一般不对氢原子做任何处理，因为那样本身就不准确，除氢原子外，还包括一些小原子，而中子可以很准确的探测到他们，我说的是实验手段方面，而不是从解析的方法入手，我感觉只有手段合适，才能进一步去解析。
谢谢celerya站内PM.
感觉你是个MM.