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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 晶体结构解析中有关氢原子处理的问题
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peter933

木虫 (著名写手)

牛虻无产者

[交流] 晶体结构解析中有关氢原子处理的问题

1 加氢有几种方法?英文规范的表述方式?
2 能从CIF文件中读出(或者猜出)加氢的方式吗?
3 氢原子是否参与精修?能从CIF上看出来吗?
3 请介绍一下解析晶体结构时涉及的参考文献.如:

SHELXTL (Sheldrick, 1997b [Sheldrick, G. M. (1997b).
Sheldrick, G M. SHELXTL-93, Program for the Refinement of Crystal Structures, University of Gttingen, 1993 .

有关晶体结构解析中氢原子处理的一切东西,我都感兴趣.

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嘿嘿!上面是瞎掰的,您可千万别信!
1楼 2007-11-24 23:21:11
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
peter933(金币+2,VIP+0):谢谢提供最新的材料.学习了.烦请再继续回答我的问题.先行谢过.
最新的是丹麦哥本哈根大学的Sine Larsen教授提出的“熵”办法。

内容呢，主要是借助中子衍射的结果，来推理氢的位置。
他们竟然通过推算Ribitol和Xylitol两种戊糖的氢位置，计算了熵，解释了它们熔点差的原因。

当然，活儿主要是Anders Madsen博士干的。
文章么，也算顶级的Angew Chem Int Ed了。
时间呢，上个月5号。
怎么样，够新的吧。

DOI: 10.1002/anie.200702423
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2楼2007-11-25 01:08:25
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peter933

木虫 (著名写手)

牛虻无产者
请各位大虾出来吧.
谢谢了.
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嘿嘿!上面是瞎掰的,您可千万别信!
3楼2007-11-28 01:27:27
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celerya

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
peter933(金币+6,VIP+0):先奉六币.谢谢小虫.还是不太 明白加氢方式.傅立叶加氢是不是个别的如C-H键的长度和别的不一样?还有,riding指的精修还是解析过程中对氢原子的处理?Q峰加氢如何表述?
peter933(金币+10,VIP+0):谢谢了.祝你早日成为金虫.
1 加氢有几种方法?英文规范的表述方式?

加H一般包括两种方法，一种是从差值傅立叶图中定位，二是理论加氢。
一般是先理论加，加不上或者位置不合适才用找Q峰的方法，也即傅立叶加氢。
The default treatment is to calculate idealized positions for the hydrogen atoms and

constrain them so they are at a set X-H distance.
精修中
H 原子被当作riding atoms because they ride with the atom they are attached to.
The default is to fix the hydrogen adp to some multiple of the ridden atom’s adp


2 能从CIF文件中读出(或者猜出)加氢的方式吗?
可以
_atom_sites_solution_hydrogens  
_refine_ls_hydrogen_treatment   
前面一个介绍获得H原子的方案，一般是geom；后面介绍精修中H原子的处理方案，一般是constr。

从ins中可以加入限制精修的命令 HFIX mn [U] [d] atom name(s)
Where mn is the code (see next)
U is the adp to use (usually not entered)
d is the bond distance (usually not entered)
Atom names are the atoms to be ridden
HFIX cards create AFIX cards in future cycles

For everything but methyl and OH groups the value of n is 3 (ride with fixed distance)
For SP3 carbon with 1 hydrogen mn=13
For SP3 carbon with 2 hydrogens mn=23
For SP2 atom with 1 hydrogen mn=43
For SP2 atom with 2 hydrogen mn=93
For SP carbon mn=163

具体参看 http://15151.5d6d.com/thread-682-1-1.html

3 氢原子是否参与精修?

精修中
H 原子被当作riding atoms because they ride with the atom they are attached to.
The default is to fix the hydrogen adp to some multiple of the ridden atom’s adp
能从CIF上看出来吗?这个问题参看2。


4 请介绍一下解析晶体结构时涉及的参考文献.如:
SHELXTL (Sheldrick, 1997b [Sheldrick, G. M. (1997b).
Sheldrick, G M. SHELXTL-93, Program for the Refinement of Crystal Structures,

University of Gttingen, 1993 .

一个学习的好地方就是shelx的主页
http://shelx.uni-ac.gwdg.de/index.html
另外最近论坛里出来一本好书，就是Crystal structure refinement，peter muller主编的，你可以搜一下小木虫或晶体解析网站http://15151.5d6d.com
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静かな夏/铁打的硬盘流水的冰/几多天真的理想/几多找到是颓丧
4楼2007-11-28 12:52:22
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peter933

木虫 (著名写手)

牛虻无产者
几何加氢和Q峰加氢都必须参与精修吗?
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嘿嘿!上面是瞎掰的,您可千万别信!
5楼2007-11-28 13:06:10
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njulwl

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★
peter933(金币+2,VIP+0):谢谢，这是几何加氢的顺序吗？
HFIX 13  Idealized tertiary C—H group
HFIX 23 Idealized secondary CH2 group
HFIX 33 Idealized CH3 group with tetrahedral angles, This requires the atom that carries the methyl group to be of tetrahedral geometry.
HFIX 43 Aromatic C—H or amide N—H group
HFIX 93 Idealized terminal X=CH2 or X=NH2 group,
HFIX 123 Idealized disordered CH3 group.
HFIX 137 Idealized CH3 group with tetrahedral angles.
HFIX 147(83) Idealized OH group with  tetrahedral X-O-H
HFIX 163 Acetylenic C-H with X-C-H linear,
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6楼2007-11-28 14:59:31
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smartjack

木虫 (正式写手)
★ ★
peter933(金币+2,VIP+0):谢谢聪明的杰克.学习了.你能帮我回答上述的问题吗?小送两币.笑纳!
如果你的样品做过中子衍射的话，那么H原子的位置就能定的很准确了，因为中子是同原子核的相互作用，这也是中子散射同X射线衍射的重要区别之处，
X射线衍射中一般不对氢原子做任何处理，因为那样本身就不准确，除氢原子外，还包括一些小原子，而中子可以很准确的探测到他们，我说的是实验手段方面，而不是从解析的方法入手，我感觉只有手段合适，才能进一步去解析。
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7楼2007-11-29 11:33:11
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peter933

木虫 (著名写手)

牛虻无产者
谢谢celerya站内PM.


感觉你是个MM.
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8楼2007-11-30 18:37:53
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peter933

木虫 (著名写手)

牛虻无产者
奖励说明] 先奉六币.谢谢小虫.
我想变成大虫，可否多加一点金币呵呵。

还是不太 明白加氢方式.傅立叶加氢是不是个别的如C-H键的长度和别的不一样?
傅立叶加氢就是挑选合适的Q峰把它定义为H原子，然后再精修，如果精修一轮后不能使其键长修到合理的范围，就用dfix命令固定一下。

还有,riding指的精修还是解析过程中对氢原子的处理?Q峰加氢如何表述?
是指精修过程中riding，一般限定其热振动参数是母原子的1.5（甲基H或水上的H）或1.2倍进行精修。
Q峰加氢如何表述Hydrogen atoms were located in the difference Fourier map and refined independently.
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嘿嘿!上面是瞎掰的,您可千万别信!
9楼2007-11-30 18:39:29
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celerya

木虫 (小有名气)
谢谢哦！呵呵！
主要是银虫总是被人笑，有什么问题pm我，我也刚刚开始学习！
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静かな夏/铁打的硬盘流水的冰/几多天真的理想/几多找到是颓丧
10楼2007-12-01 10:40:34
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