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peter933木虫 (著名写手)
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[交流]
晶体结构解析中有关氢原子处理的问题
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1 加氢有几种方法?英文规范的表述方式? 2 能从CIF文件中读出(或者猜出)加氢的方式吗? 3 氢原子是否参与精修?能从CIF上看出来吗? 3 请介绍一下解析晶体结构时涉及的参考文献.如: SHELXTL (Sheldrick, 1997b [Sheldrick, G. M. (1997b). Sheldrick, G M. SHELXTL-93, Program for the Refinement of Crystal Structures, University of Gttingen, 1993 . 有关晶体结构解析中氢原子处理的一切东西,我都感兴趣. 回帖请尽量详细! 重金酬谢! 长期有效,先取58金币,若不够请斑竹继续从我的跟贴里面扣除. |
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yalefield
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2楼2007-11-25 01:08:25
peter933
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3楼2007-11-28 01:27:27
celerya
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peter933(金币+6,VIP+0):先奉六币.谢谢小虫.还是不太 明白加氢方式.傅立叶加氢是不是个别的如C-H键的长度和别的不一样?还有,riding指的精修还是解析过程中对氢原子的处理?Q峰加氢如何表述?
peter933(金币+10,VIP+0):谢谢了.祝你早日成为金虫.
peter933(金币+6,VIP+0):先奉六币.谢谢小虫.还是不太 明白加氢方式.傅立叶加氢是不是个别的如C-H键的长度和别的不一样?还有,riding指的精修还是解析过程中对氢原子的处理?Q峰加氢如何表述?
peter933(金币+10,VIP+0):谢谢了.祝你早日成为金虫.
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1 加氢有几种方法?英文规范的表述方式? 加H一般包括两种方法，一种是从差值傅立叶图中定位，二是理论加氢。 一般是先理论加，加不上或者位置不合适才用找Q峰的方法，也即傅立叶加氢。 The default treatment is to calculate idealized positions for the hydrogen atoms and constrain them so they are at a set X-H distance. 精修中 H 原子被当作riding atoms because they ride with the atom they are attached to. The default is to fix the hydrogen adp to some multiple of the ridden atom’s adp 2 能从CIF文件中读出(或者猜出)加氢的方式吗? 可以 _atom_sites_solution_hydrogens _refine_ls_hydrogen_treatment 前面一个介绍获得H原子的方案，一般是geom；后面介绍精修中H原子的处理方案，一般是constr。 从ins中可以加入限制精修的命令 HFIX mn [U] [d] atom name(s) Where mn is the code (see next) U is the adp to use (usually not entered) d is the bond distance (usually not entered) Atom names are the atoms to be ridden HFIX cards create AFIX cards in future cycles For everything but methyl and OH groups the value of n is 3 (ride with fixed distance) For SP3 carbon with 1 hydrogen mn=13 For SP3 carbon with 2 hydrogens mn=23 For SP2 atom with 1 hydrogen mn=43 For SP2 atom with 2 hydrogen mn=93 For SP carbon mn=163 具体参看 http://15151.5d6d.com/thread-682-1-1.html 3 氢原子是否参与精修? 精修中 H 原子被当作riding atoms because they ride with the atom they are attached to. The default is to fix the hydrogen adp to some multiple of the ridden atom’s adp 能从CIF上看出来吗?这个问题参看2。 4 请介绍一下解析晶体结构时涉及的参考文献.如: SHELXTL (Sheldrick, 1997b [Sheldrick, G. M. (1997b). Sheldrick, G M. SHELXTL-93, Program for the Refinement of Crystal Structures, University of Gttingen, 1993 . 一个学习的好地方就是shelx的主页 http://shelx.uni-ac.gwdg.de/index.html 另外最近论坛里出来一本好书，就是Crystal structure refinement，peter muller主编的，你可以搜一下小木虫或晶体解析网站http://15151.5d6d.com |
4楼2007-11-28 12:52:22
peter933
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5楼2007-11-28 13:06:10
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peter933(金币+2,VIP+0):谢谢，这是几何加氢的顺序吗？
peter933(金币+2,VIP+0):谢谢，这是几何加氢的顺序吗？
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HFIX 13 Idealized tertiary C—H group HFIX 23 Idealized secondary CH2 group HFIX 33 Idealized CH3 group with tetrahedral angles, This requires the atom that carries the methyl group to be of tetrahedral geometry. HFIX 43 Aromatic C—H or amide N—H group HFIX 93 Idealized terminal X=CH2 or X=NH2 group, HFIX 123 Idealized disordered CH3 group. HFIX 137 Idealized CH3 group with tetrahedral angles. HFIX 147(83) Idealized OH group with tetrahedral X-O-H HFIX 163 Acetylenic C-H with X-C-H linear, |
6楼2007-11-28 14:59:31
smartjack
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8楼2007-11-30 18:37:53
peter933
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奖励说明] 先奉六币.谢谢小虫. 我想变成大虫，可否多加一点金币呵呵。 还是不太 明白加氢方式.傅立叶加氢是不是个别的如C-H键的长度和别的不一样? 傅立叶加氢就是挑选合适的Q峰把它定义为H原子，然后再精修，如果精修一轮后不能使其键长修到合理的范围，就用dfix命令固定一下。 还有,riding指的精修还是解析过程中对氢原子的处理?Q峰加氢如何表述? 是指精修过程中riding，一般限定其热振动参数是母原子的1.5（甲基H或水上的H）或1.2倍进行精修。 Q峰加氢如何表述Hydrogen atoms were located in the difference Fourier map and refined independently. |
9楼2007-11-30 18:39:29
celerya
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10楼2007-12-01 10:40:34
