| 查看: 1435 | 回复: 9 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 peter933 的 36 个金币 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
peter933木虫 (著名写手)
牛虻无产者
|
[交流]
晶体结构解析中有关氢原子处理的问题
|
||
|
1 加氢有几种方法?英文规范的表述方式? 2 能从CIF文件中读出(或者猜出)加氢的方式吗? 3 氢原子是否参与精修?能从CIF上看出来吗? 3 请介绍一下解析晶体结构时涉及的参考文献.如: SHELXTL (Sheldrick, 1997b [Sheldrick, G. M. (1997b). Sheldrick, G M. SHELXTL-93, Program for the Refinement of Crystal Structures, University of Gttingen, 1993 . 有关晶体结构解析中氢原子处理的一切东西,我都感兴趣. 回帖请尽量详细! 重金酬谢! 长期有效,先取58金币,若不够请斑竹继续从我的跟贴里面扣除. |
回复此楼» 猜你喜欢
台州学院有序多孔材料团队最后冲刺，同学们别错过哦，请速联系！
已经有0人回复
-
江西科技师范大学物理化学课题组接收调剂生，名额还有，速来
已经有0人回复
-
无机化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有207人回复
-
求碳酸钠和碳酸氢钠的晶胞结构图或晶体结构图
已经有0人回复
-
求碳酸钠和碳酸氢钠的晶胞结构图或晶体结构图
已经有0人回复
-
江西科技师范大学物理化学课题组接收调剂生，12点开启，速来
已经有0人回复
-
【2026 考研调剂】哈尔滨工程大学 招收学硕调剂生（英语一、数学一）
已经有0人回复
-
四川轻化工大学化学与环境工程学院 付昱教授课题组招收调剂硕士研究生
已经有11人回复
-
盐城工学院材料科学与工程学院交通运输专业硕士研究生调剂招生
已经有0人回复
peter933
木虫 (著名写手)
牛虻无产者
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1600.7
- 帖子: 1337
- 在线: 1.9小时
- 虫号: 278352
- 注册: 2006-09-10
- 性别: GG
- 专业: 催化化学
5楼2007-11-28 13:06:10
yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
- CMEI: 2
- 应助: 129 (高中生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 21238.9
- 散金: 3440
- 红花: 66
- 帖子: 12101
- 在线: 759.1小时
- 虫号: 96063
- 注册: 2005-10-07
- 专业: 高等教育学
- 管辖: 计算模拟
2楼2007-11-25 01:08:25
peter933
木虫 (著名写手)
牛虻无产者
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1600.7
- 帖子: 1337
- 在线: 1.9小时
- 虫号: 278352
- 注册: 2006-09-10
- 性别: GG
- 专业: 催化化学
3楼2007-11-28 01:27:27
celerya
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2931.5
- 红花: 1
- 帖子: 221
- 在线: 266.3小时
- 虫号: 261122
- 注册: 2006-06-18
- 专业: 绿色有机化学
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
peter933(金币+6,VIP+0):先奉六币.谢谢小虫.还是不太 明白加氢方式.傅立叶加氢是不是个别的如C-H键的长度和别的不一样?还有,riding指的精修还是解析过程中对氢原子的处理?Q峰加氢如何表述?
peter933(金币+10,VIP+0):谢谢了.祝你早日成为金虫.
peter933(金币+6,VIP+0):先奉六币.谢谢小虫.还是不太 明白加氢方式.傅立叶加氢是不是个别的如C-H键的长度和别的不一样?还有,riding指的精修还是解析过程中对氢原子的处理?Q峰加氢如何表述?
peter933(金币+10,VIP+0):谢谢了.祝你早日成为金虫.
|
1 加氢有几种方法?英文规范的表述方式? 加H一般包括两种方法，一种是从差值傅立叶图中定位，二是理论加氢。 一般是先理论加，加不上或者位置不合适才用找Q峰的方法，也即傅立叶加氢。 The default treatment is to calculate idealized positions for the hydrogen atoms and constrain them so they are at a set X-H distance. 精修中 H 原子被当作riding atoms because they ride with the atom they are attached to. The default is to fix the hydrogen adp to some multiple of the ridden atom’s adp 2 能从CIF文件中读出(或者猜出)加氢的方式吗? 可以 _atom_sites_solution_hydrogens _refine_ls_hydrogen_treatment 前面一个介绍获得H原子的方案，一般是geom；后面介绍精修中H原子的处理方案，一般是constr。 从ins中可以加入限制精修的命令 HFIX mn [U] [d] atom name(s) Where mn is the code (see next) U is the adp to use (usually not entered) d is the bond distance (usually not entered) Atom names are the atoms to be ridden HFIX cards create AFIX cards in future cycles For everything but methyl and OH groups the value of n is 3 (ride with fixed distance) For SP3 carbon with 1 hydrogen mn=13 For SP3 carbon with 2 hydrogens mn=23 For SP2 atom with 1 hydrogen mn=43 For SP2 atom with 2 hydrogen mn=93 For SP carbon mn=163 具体参看 http://15151.5d6d.com/thread-682-1-1.html 3 氢原子是否参与精修? 精修中 H 原子被当作riding atoms because they ride with the atom they are attached to. The default is to fix the hydrogen adp to some multiple of the ridden atom’s adp 能从CIF上看出来吗?这个问题参看2。 4 请介绍一下解析晶体结构时涉及的参考文献.如: SHELXTL (Sheldrick, 1997b [Sheldrick, G. M. (1997b). Sheldrick, G M. SHELXTL-93, Program for the Refinement of Crystal Structures, University of Gttingen, 1993 . 一个学习的好地方就是shelx的主页 http://shelx.uni-ac.gwdg.de/index.html 另外最近论坛里出来一本好书，就是Crystal structure refinement，peter muller主编的，你可以搜一下小木虫或晶体解析网站http://15151.5d6d.com |
4楼2007-11-28 12:52:22
