拼接两个蛋白质
当你的蛋白质能够同时绑定两种配体时(当然两个配体结合在蛋白质的不同区域)，你
现在有complex1(蛋白质和配体1的复合物)，complex2(蛋白质和配体2的复合物)。
你希望得到一个complex3(蛋白质和配体1，2的复合物)。这时你就需要将complex1
和complex2拼接起来形成complex3.具体的方法参看图例：
1，打开DeepView
2，依次输入complex1,complex2
3，合并两个蛋白质：在菜单栏选择Fit-->Magic Fit
4，通过Control Panel(在window菜单下)选择合并到一起的残基
本例中选择complex1中的A链，complex2中全部的原子
5，将选中的原子拼合成complex3(在窗口中显示为_merge_)
在菜单栏选择Edit--->Create Merged Layer from Selection
6, 保存_merge_为complex3.pdb
这样就得到一个complex3(蛋白质和配体1，2的复合物)
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[ Last edited by itismineok on 2007-8-7 at 08:23 ]
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新颖简单，好用，但具体应用例子还请楼主指教
既然楼上的有兴趣，我当然愿意献丑，不过希望你帮忙，顶一下我的申请贴，没人气啊，都沉了！
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=540215&fpage=1
楼上的需要具体例子，也就是要我提供complex1,complex2然后用于操作，其实这种蛋白在PDB里有很多，在PDB数据库里找到你感兴趣的蛋白质（complex2）,然后用dock做出complex1,就行了，具体方法可参照下贴：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542240，
据楼主所知，现在已经有多少蛋白质的序列确认，又有多少的蛋白质的的3D结构通过实验得到了确认（一般通过结晶，我不知道现在NMR能做到什么水平）。
我如果给你几条蛋白序列，你能否通过计算程序的方法帮我预测到比较可信（国际或则在分析中）3级结构，谢谢
浙江理工大的同学果然思想靠前，能想到从序列预测3维结构！pf,pf!
[ Last edited by itismineok on 2007-8-5 at 16:09 ]
我没有那么好的出身，谢谢。楼上的问题还没有回答呢
[ Last edited by ilovejim on 2007-8-5 at 16:11 ]
听说Rosetta@home可以，我的同学做出的结果勉强可以看！