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询问PCR 退火温度

作者 空盖子
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请问退火温度设计的原理是什么呢?
两端引物取平均吗?有没有明确的原理呢? 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • jiliu1036

    根据软件预测的温度,自己设计个范围摸梯度.比如预测的是55度,那么你可以选55+ -5

  • 黑罕

    引物的重要参数是熔解温度(Tm)。
          当50%的引物和互补序列表现为双链DNA分子时的温度。Tm对于设定PCR退火温度是必需的。在理想状态下,退火温度足够低,以保证引物同目的序列有效退火,同时还要足够高,以减少非特异性结合。合理的退火温度从55℃到70℃。退火温度一般设定比引物的Tm低5℃。
        计算Tm 有几种公式。第一个公式(Wallace 规则):Tm = 4℃(g + C) +2℃(a + T),这来源于高盐溶液中的杂交,适用于小于15-20个碱基的引物,也适用于手工设计时的简单计算。第二个公式(Baldino 算法)适用于计算14-70个核苷酸在≤0.4mol\L 的阳离子溶液中的Tm, 也可用于扩增产物的Tm 计算.Tm=81.5+16.6*lg[K+]+0.41(%[G+C])-(675/n)。以上两种算法都是基于碱基组成而不是碱基排列而计算的,事实上相同碱基组成的引物Tm 可能差异不小:GGGAA 和GAGAG 的Tm 是不一样的,所以确定引物Tm 最可信的方法是近邻分析法。这种方法从序列一级结构和相邻碱基的特性预测引物的杂交稳定性。大部分计算机程序如Primer5 等均使用近邻分析法。
        根据所使用的公式及引物序列的不同,Tm会差异很大。因为大部分公式提供一个估算的Tm值,所有退火温度只是一个起始点。可以通过分析几个逐步提高退火温度的反应以提高特异性。开始低于估算的Tm5℃,以2℃为增量,逐步提高退火温度。较高的退火温度会减少引物二聚体和非特异性产物的形成。为获得最佳结果,两个引物应具有近似的Tm值。引物对的Tm差异如果超过5℃,就会引物在循环中使用较低的退火温度而表现出明显的错误起始。如果两个引物Tm不同,将退火温度设定为比最低的Tm低5℃。或者为了提高特异性,可以在根据较高Tm设计的退火温度先进行5个循环,然后在根据较低Tm设计的退火温度进行剩余的循环。这使得在较为严紧的条件下可以获得目的模板的部分拷贝,

  • tangling37

    我师兄建议我参考引物设计给出的那个温度进行,范围在加减5度的范围(我通常是减 的哈)

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