两个疑问：
1、你通过了哪些检测确定的两个顺反异构体醇中只有一个发生了反应，而另外一个异构体基本不发生反应的？
------Oppenauer氧化对-OH的构型应该没有要求和限制的！
2、你是怎样发现产生了大量环己酮缩合的产物的？缩合的产物是什么？它具有什么样的外观及物理特征？
------Oppenauer氧化中，醇的质子将通过醇铝传递给酮，使得醇变为酮，而酮则变为相应的醇，从未看到过在这种条件下环己酮缩合的报道！

我们这有气质联用仪，主要通过这台仪器来看，我的原料的顺反异构体（与柠檬醛相似，柠檬醛由橙花醛（顺式）、香叶醛（反式）构成）。
环己酮在碱性条件下，容易发生缩合，在百度上搜一下“羟醛缩合”就有很多这方面的信息。如http://kj.bicea.edu.cn:9090/youjihuaxue/11/html/11_04_02_03.htm，有兴趣可以看一下，感谢回复，不介意的话可以进一步讨论，谢谢，

这个东西还真有意思，关注一下，我只做过甾体方面的Oppenauer氧化，从没有上面的问题，关注。

有可能是空间位阻。
酮应该是和醇铝、你的底物形成过渡态而完成氢的转移，在此过程中如果酮的位阻（环己酮位阻还是比较大的）影响了过渡态的生成，当然会造成其中一个异构体无法完成氢的转移。
建议用小位阻酮试试，丙酮不行吗？

你的缩合产物什么时候出现？是延长时间？加高温度？可能你为了反应的完全，而刻意加剧了反应条件，造成缩合变成主产物。