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siyuansing

银虫 (小有名气)

[求助] 加了酶切位点的引物扩增不出目的片段 已有6人参与

扩增一个800bp的片段,引物的5‘端不加酶切位点就能扩增出来,加了酶切位点就扩增不出来是什么情况?
如图,从左向右依次是marker、无酶切位点的引物、有酶切位点的引物、有酶切位点和保护碱基的引物
引物列表如下
上引物无酶切位点:GTACAGACAAGAAACGCGTCA
下引物无酶切位点:TGGGAAGAAGACAGAGCTCTG

上引物+酶切位点:AAGCTTGTACAGACAAGAAACGCGTCA
下引物+酶切位点:CCTGCAGGTGGGAAGAAGACAGAGCTCTG

上引物+酶切位点+保护碱基:GGCAAGCTTGTACAGACAAGAAACGCGTCA
下引物+酶切位点+保护碱基:AAAACCTGCAGGTGGGAAGAAGACAGAGCTCTG
以上引物都是从5’端→3'端

后来实在扩增不出来,放弃前段300bp,在该800bp片段扩增后面500bp,改变上引物、保留下引物,依然是只有无酶切位点才能扩增的出来,加了酶切位点以后就扩增不出来。这个问题困扰了半个月了,求大神解救,万分感激。

加了酶切位点的引物扩增不出目的片段
PC 2015-12-06 12 时 40 分 土曲霉pdc启动子.jpg
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siyuansing

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 科学小覃 at 2015-12-13 20:06:13
反应条件怎么设定的?要考虑加酶切位点后引物TM值的变化。

模板1μl ,600ng/μl
上下引物各1μl,10μM/L=10nM/mL=10pM/μl
水7μl
takara的Ex TaqMix 10μl
总共20μl的体系,模板是基因组

酶切位点和模板不配对,没有必要计算Tm值的变化吧?而且我有试过提高退火温度,还是扩增不出来。
7楼2015-12-13 23:50:34
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lutu2013

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议用 takara 的primeSTAR MAX做PCR   一般都可以跑出来
2楼2015-12-13 14:43:52
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shanyue00

铁杆木虫 (著名写手)

耐心说话,好好说话!
3楼2015-12-13 18:15:55
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4楼2015-12-13 18:21:52
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