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siyuansing

银虫 (小有名气)

[求助] 加了酶切位点的引物扩增不出目的片段已有6人参与

扩增一个800bp的片段,引物的5‘端不加酶切位点就能扩增出来,加了酶切位点就扩增不出来是什么情况?
如图,从左向右依次是marker、无酶切位点的引物、有酶切位点的引物、有酶切位点和保护碱基的引物
引物列表如下
上引物无酶切位点:GTACAGACAAGAAACGCGTCA
下引物无酶切位点:TGGGAAGAAGACAGAGCTCTG

上引物+酶切位点:AAGCTTGTACAGACAAGAAACGCGTCA
下引物+酶切位点:CCTGCAGGTGGGAAGAAGACAGAGCTCTG

上引物+酶切位点+保护碱基:GGCAAGCTTGTACAGACAAGAAACGCGTCA
下引物+酶切位点+保护碱基:AAAACCTGCAGGTGGGAAGAAGACAGAGCTCTG
以上引物都是从5’端→3'端

后来实在扩增不出来,放弃前段300bp,在该800bp片段扩增后面500bp,改变上引物、保留下引物,依然是只有无酶切位点才能扩增的出来,加了酶切位点以后就扩增不出来。这个问题困扰了半个月了,求大神解救,万分感激。

加了酶切位点的引物扩增不出目的片段
PC 2015-12-06 12 时 40 分 土曲霉pdc启动子.jpg
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siyuansing

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by shanyue00 at 2015-12-13 18:15:55
体系?

模板1μl ,600ng/μl
上下引物各1μl,10μM/L=10nM/mL=10pM/μl
水7μl
takara的Ex TaqMix 10μl
总共20μl的体系
6楼2015-12-13 23:49:09
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siyuansing

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 科学小覃 at 2015-12-13 20:06:13
反应条件怎么设定的?要考虑加酶切位点后引物TM值的变化。

模板1μl ,600ng/μl
上下引物各1μl,10μM/L=10nM/mL=10pM/μl
水7μl
takara的Ex TaqMix 10μl
总共20μl的体系,模板是基因组

酶切位点和模板不配对,没有必要计算Tm值的变化吧?而且我有试过提高退火温度,还是扩增不出来。
7楼2015-12-13 23:50:34
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siyuansing

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 科学小覃 at 2015-12-14 08:25:07
酶切位点最初不参加模版配对,但当扩增出新的序列后,新的序列作为模版是有酶切位点的,也参与引物配对。所以,可以先以不加酶切位点的退火温度反应3-5个循环,之后再以加酶切位点后的退火温度进行扩增。...

很有道理,我去试试

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9楼2015-12-14 08:38:58
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siyuansing

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 科学小覃 at 2015-12-14 08:25:07
酶切位点最初不参加模版配对,但当扩增出新的序列后,新的序列作为模版是有酶切位点的,也参与引物配对。所以,可以先以不加酶切位点的退火温度反应3-5个循环,之后再以加酶切位点后的退火温度进行扩增。...

想了一下,低退火温度扩增不出来,且没有非特异性扩增,提高退火温度不是更应该出不来?反正现在也没有什么好的解释,我还是试一下,总比在这浪费时间强。

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10楼2015-12-14 09:11:20
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siyuansing

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 科学小覃 at 2015-12-14 08:25:07
酶切位点最初不参加模版配对,但当扩增出新的序列后,新的序列作为模版是有酶切位点的,也参与引物配对。所以,可以先以不加酶切位点的退火温度反应3-5个循环,之后再以加酶切位点后的退火温度进行扩增。...

又想了一下,提高退火温度应该可以降低引物二聚体和发卡结构形成的概率。哈哈哈哈,感觉想一想,越想可能越高。谢谢你啦!

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11楼2015-12-14 09:28:58
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siyuansing

银虫 (小有名气)

引用回帖:
20楼: Originally posted by 大-木-虫 at 2015-12-16 21:17:56
很简单,你可以先用普通引物扩增出来连接载体,提取质粒当模板再做加酶切位点的PCR就会有结果了哈哈哈

这样错配会挺多,虽然没有做阴影对照,但是看图应该是引物二聚体,就算再进行pcr也避免不了

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21楼2015-12-18 00:43:42
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