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siyuansing

银虫 (小有名气)

[求助] 加了酶切位点的引物扩增不出目的片段 已有6人参与

扩增一个800bp的片段,引物的5‘端不加酶切位点就能扩增出来,加了酶切位点就扩增不出来是什么情况?
如图,从左向右依次是marker、无酶切位点的引物、有酶切位点的引物、有酶切位点和保护碱基的引物
引物列表如下
上引物无酶切位点:GTACAGACAAGAAACGCGTCA
下引物无酶切位点:TGGGAAGAAGACAGAGCTCTG

上引物+酶切位点:AAGCTTGTACAGACAAGAAACGCGTCA
下引物+酶切位点:CCTGCAGGTGGGAAGAAGACAGAGCTCTG

上引物+酶切位点+保护碱基:GGCAAGCTTGTACAGACAAGAAACGCGTCA
下引物+酶切位点+保护碱基:AAAACCTGCAGGTGGGAAGAAGACAGAGCTCTG
以上引物都是从5’端→3'端

后来实在扩增不出来,放弃前段300bp,在该800bp片段扩增后面500bp,改变上引物、保留下引物,依然是只有无酶切位点才能扩增的出来,加了酶切位点以后就扩增不出来。这个问题困扰了半个月了,求大神解救,万分感激。

加了酶切位点的引物扩增不出目的片段
PC 2015-12-06 12 时 40 分 土曲霉pdc启动子.jpg
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siyuansing

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 科学小覃 at 2015-12-14 08:25:07
酶切位点最初不参加模版配对,但当扩增出新的序列后,新的序列作为模版是有酶切位点的,也参与引物配对。所以,可以先以不加酶切位点的退火温度反应3-5个循环,之后再以加酶切位点后的退火温度进行扩增。...

想了一下,低退火温度扩增不出来,且没有非特异性扩增,提高退火温度不是更应该出不来?反正现在也没有什么好的解释,我还是试一下,总比在这浪费时间强。

发自小木虫IOS客户端
10楼2015-12-14 09:11:20
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lutu2013

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议用 takara 的primeSTAR MAX做PCR   一般都可以跑出来
2楼2015-12-13 14:43:52
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shanyue00

铁杆木虫 (著名写手)

耐心说话,好好说话!
3楼2015-12-13 18:15:55
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4楼2015-12-13 18:21:52
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