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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 新手，求助PCR引物设计问题。
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岳大白

新虫 (初入文坛)

[求助] 新手，求助PCR引物设计问题。 已有3人参与

我现在做一段基因的PCR，应该直接以目的基因为模板设计引物，还是应该多选择目的基因上下游200bp为目的片段进行引物设计

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1楼 2015-10-26 09:04:46
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15853830932

木虫 (小有名气)
看引物好不好了，有没有二聚体之类的，如果没有ATG的话，上下200bp挺好吧

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If you shed tear when you miss the sun, you also miss the stars.
2楼2015-10-26 09:07:59
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Esther_zhang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不要直接以该基因为模板设计。你的基因有多大啊，200bp是可以的，但是如果你的目的基因太大，上下游加上400bp，产物会不会太大了点，不好P。其实隔个几十bp就完全可以了，200没必要。
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3楼2015-10-26 09:23:31
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岳大白

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Esther_zhang at 2015-10-26 09:23:31
不要直接以该基因为模板设计。你的基因有多大啊，200bp是可以的，但是如果你的目的基因太大，上下游加上400bp，产物会不会太大了点，不好P。其实隔个几十bp就完全可以了，200没必要。

2952bp，上下游各加100合适吗

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4楼2015-10-26 10:35:22
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thetc

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
其实都可以 ， 主要是看你设计出来之后pcr 产物多长，然后对应其长度对pcr 程序进行改变，将延伸时间增加即可。
大约taq（未改造）是一分钟1000bp的样子，所以你设计出来之后看看怎么调整。
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加入，希望能学习多一点
5楼2015-10-26 16:25:15
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足下客

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你要扩将近3000bp的基因片段，蛮大的了，你扩增片段的目的是什么？如果想把这个基因自身的启动子扩增出来，那引物设计就在上游多留出一部分来，如果不需要扩增启动子，那就无所谓了，只要保证这个片段完整扩出就可以了。你这个要用专门用于扩增大片段的Taq酶啊，片段太大了，有时候不好扩，祝好运！
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6楼2015-10-27 16:44:53
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