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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 测序结果5‘端和3’端经常会出现错误吗？
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tianti_121

新虫 (小有名气)

[求助] 测序结果5‘端和3’端经常会出现错误吗？ 已有6人参与

我有好几处测序5‘端和3’端都会与设计的引物序列不一样，是测序结果不准确呢，还是真的PCR的问题呢？

附图大家帮忙给看看。起始密码子是ATG，结果却是CAT?终止密码子TAA，测序结果却是AAA？这到底是怎么一回事？不解中！

谢谢大家！

测序结果5‘端和3’端经常会出现错误吗？
终止密码子部位.png


测序结果5‘端和3’端经常会出现错误吗？-1
起始密码子部位.png
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1楼 2015-10-22 17:00:11
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

sunshine436

新虫 (小有名气)
遇到这种情况，要看峰图上读的是什么，另外你的测序引物设计的要离目的基因远一点，要不然读的不准确。

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2楼2015-10-22 17:57:25
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厚德求是

木虫 (著名写手)

Ph. D. Prof.

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你看看公司发给你的那个峰图，而不是这个生成的文本，你去看看对应的位点峰图乱不乱，如果很乱可能就是测序出了问题。

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8楼2015-10-23 08:12:47
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徐小培

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
一般前后都不准确，尤其是后面800bp以后，都有可能不正确，但是最好结合峰图来判断。
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9楼2015-10-23 09:10:01
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普通回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是连载体测序还是直接PCR产物测序？
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3楼2015-10-22 20:34:05
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tianti_121

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2015-10-22 20:34:05
是连载体测序还是直接PCR产物测序？

连载体测序，puc19，目的基因大概1500左右，使用通用引物M17测序
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4楼2015-10-22 23:00:11
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by tianti_121 at 2015-10-22 23:00:11
连载体测序，puc19，目的基因大概1500左右，使用通用引物M17测序...

你的引物就在起始密码子和终止密码子吗？如果是这样，你测的又都是这两个位置有问题，那我觉得是引物合成出错了。
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5楼2015-10-22 23:48:34
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~春梦秋云~

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
从你的图看，前面也没有多少了，应该是测序引物太近了，一般从测序开始有几十个是不准的！

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相信黎明不会失约，相信付出必有回报！
6楼2015-10-23 00:13:25
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tolobio

新虫 (小有名气)
重点看峰图。
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7楼2015-10-23 06:42:44
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mlbiosci

新虫 (正式写手)
八百以内直接看可以，超过八百两端可能不准，有疑问看峰图，多数情况下不会出错。大片段测序尽量双向测通。使用通用引物测序，目的基因两侧应该不会有大问题吧

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10楼2015-10-24 00:28:43
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