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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 怎么样确定我测序得到的结果5‘到3’的方向
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静寂

新虫 (初入文坛)

[求助] 怎么样确定我测序得到的结果5‘到3’的方向

想了解测序得到的序列都是5‘到3’吗？
测序得不到引物序列，只能找到两端载体片段，一个引物测出来的顺序和载体序列的正链一致，一个引物就必须用两端载体的反向互补链才能得到结果，那么我手上去过载体的序列可以一起用seqman进行拼接聚类得到contigs吗？
还有如果用去载体序列和他的反向互补序列进行blast分析，得到的结果都是正确的吗？互补链呢？

[ Last edited by 静寂 on 2012-5-30 at 18:46 ]
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1楼 2012-05-30 18:32:09
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水月寺学徒

金虫 (小有名气)

江湖浪子，行游诗人

【答案】应助回帖

去看看双脱氧法测序的原理和操作你就懂了。如果找不到引物序列应该是克隆有问题，可以通过blast‘确认一下有无目的片段，blast不用考虑反向互补
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活出生而为龙的狷狂
2楼2012-06-07 22:38:02
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静寂

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 水月寺学徒 at 2012-06-07 22:38:02
去看看双脱氧法测序的原理和操作你就懂了。如果找不到引物序列应该是克隆有问题，可以通过blast‘确认一下有无目的片段，blast不用考虑反向互补

非常感谢！
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3楼2012-06-11 18:24:25
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