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静寂

新虫 (初入文坛)

[求助] 怎么样确定我测序得到的结果5‘到3’的方向

想了解测序得到的序列都是5‘到3’吗?
测序得不到引物序列,只能找到两端载体片段,一个引物测出来的顺序和载体序列的正链一致,一个引物就必须用两端载体的反向互补链才能得到结果,那么我手上去过载体的序列可以一起用seqman进行拼接聚类得到contigs吗?
还有如果用去载体序列和他的反向互补序列进行blast分析,得到的结果都是正确的吗?互补链呢?

[ Last edited by 静寂 on 2012-5-30 at 18:46 ]
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水月寺学徒

金虫 (小有名气)

江湖浪子,行游诗人

【答案】应助回帖

去看看双脱氧法测序的原理和操作你就懂了。如果找不到引物序列应该是克隆有问题,可以通过blast‘确认一下有无目的片段,blast不用考虑反向互补
活出生而为龙的狷狂
2楼2012-06-07 22:38:02
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静寂

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 水月寺学徒 at 2012-06-07 22:38:02
去看看双脱氧法测序的原理和操作你就懂了。如果找不到引物序列应该是克隆有问题,可以通过blast‘确认一下有无目的片段,blast不用考虑反向互补

非常感谢!
3楼2012-06-11 18:24:25
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