| 查看: 2177 | 回复: 0 | ||
[求助]
Lammps 模拟NPT系统出错
|
这是我的input file， 想要在NVT的基础上接着运行NPT， 但是使用如下fix命令后无论是温度还是压强都没有被fix，如果删除fix rigid 那么分子之间的bond就消失了。。。使用fix rigid/npt 又说 invalid style。。。只有这种形式才能运行，但是温度和压强又不fix。。。请各位大神帮帮忙~~~~~ input file： ———————————————————————————————————————————————————————————————————————— dimension 2 boundary p p p neighbor 0.3 bin neigh_modify delay 1 timestep 0.002 units lj atom_style full read_restart restart.dimer_final group dimer molecule <> 1 3200 thermo_style custom step temp press vol enthalpy pe ke etotal lx ly lz atoms pair_style hybrid/overlay lj/cut 6.0 yukawa 1.0 6.0 pair_coeff * * lj/cut 1.0 1.0 pair_coeff * * yukawa 2.250 fix 10 dimer rigid molecule fix 1 all press/berendsen iso 0.0018 0.0018 1.0 fix 2 all npt temp 0.045 0.045 1.0 iso 0.0018 0.0018 1.0 neigh_modify exclude molecule dimer fix 5 all enforce2d —————————————————————————————————————————————————————————————————————————— output file 就这样： ———————————————————————————————————————————————————————————————————————— LAMMPS (9 Nov 2011) Reading restart file ... orthogonal box = (0 0 0) to (357.77 357.77 2.2) 1 by 5 by 1 processor grid 6400 atoms 3200 bonds Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ... 1 = max # of 1-2 neighbors 0 = max # of 1-3 neighbors 0 = max # of 1-4 neighbors 1 = max # of special neighbors 6400 atoms in group dimer 3200 rigid bodies with 6400 atoms WARNING: One or more atoms are time integrated more than once (modify.cpp:240) Setting up run ... Memory usage per processor = 4.26651 Mbytes Step Temp Press Volume Enthalpy PotEng KinEng TotEng Lx Ly Lz Atoms 11000000 0.045404677 -0.0048495 127999.37 -0.16623931 -0.1032962 0.034046413 -0.069249787 357.77 357.77 2.2 6400 11001000 0.035714946 0.0025690215 149326.3 -0.030062248 -0.11678389 0.026780629 -0.090003259 386.42761 386.42761 2.2 6400 11002000 0.030264793 0.0023758957 176161.74 -0.033412274 -0.12150331 0.022693866 -0.098809449 419.71626 419.71626 2.2 6400 11003000 0.029004975 0.0022623105 192742.28 -0.033463396 -0.12334429 0.021749199 -0.1015951 439.02424 439.02424 2.2 6400 11004000 0.028354983 0.0022907102 208286.37 -0.028235237 -0.12404763 0.021261807 -0.10278582 456.38402 456.38402 2.2 6400 11005000 0.02802591 0.0023240801 230934.88 -0.019681906 -0.12455808 0.021015054 -0.10354302 480.55684 480.55684 2.2 6400 11006000 0.027851188 0.0022193808 248575.1 -0.017691289 -0.12477576 0.020884039 -0.10389173 498.57306 498.57306 2.2 6400 11007000 0.027480945 0.0022516638 249899.94 -0.015969955 -0.12449678 0.020606415 -0.10389037 499.89993 499.89993 2.2 6400 11008000 0.027463389 0.0022537957 268442.03 -0.0096305365 -0.12475714 0.020593251 -0.10416389 518.11391 518.11391 2.2 6400 ———————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— 多谢各位大神。。。 |
回复此楼» 猜你喜欢
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有5人回复
-
2026年叶企孙基金
已经有6人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有13人回复
-
基金系统什么内容也没有
已经有9人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有11人回复
-
怎么查啊
已经有6人回复
-
哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识
已经有6人回复
-
面上合作单位盖章
已经有5人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
lammps中LJ势能下单位问题
已经有5人回复
- Lammps计算油水界面，油相密度、平衡等问题求指导
已经有6人回复
- 关于npt系综设定？
已经有5人回复
- lammps并行安装最后一步make serial出错
已经有17人回复
- lammps做拉伸试验，求大神进来指导下（烈日炎炎，有劳了`(*∩_∩*)′）
已经有14人回复
- lammps中的npt系综下逐步降温问题
已经有3人回复
- lammps中界面的建立
已经有9人回复
- Forcite 弛豫
已经有6人回复
- 分子模拟中MSD的问题讨论
已经有25人回复
- 急！lammps安装修改makefile.g++文件后运行出错。
已经有12人回复
- lammps实验拉伸Al纳米线的in文件的错误提示好久找不出？
已经有8人回复
- 关于lammps fix npt/deform做拉伸时温度的变化
已经有6人回复
- LAMMPS温度－步长曲线震荡
已经有11人回复
- lammps fix npt中控温控压方法
已经有5人回复
- NPT系综动力学
已经有19人回复
- LAMMPS运行结果出现nan
已经有20人回复
- 第一原理动力学的系综选择，和各种系综的输入文件Example
已经有13人回复
- NPT系综的平衡问题
已经有10人回复
- 【讨论】npt压力控制问题
已经有10人回复
- 【讨论】系综问题
已经有32人回复
- 【求助】NVT弛豫问题
已经有3人回复
- 【讨论】LAMMPS的replicate command与creat box区别
已经有3人回复
- 【讨论】lammps运行eam/fs出错
已经有38人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
投票:
30